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基因组版本转换工具 -- CrossMap简介

来源:伴沃教育

Why CrossMap?

基因组测序往往是一个连续性的工作,后续的版本会对之前的版本进行修正和更新,这就造成了版本间碱基坐标的差异。研究人员常常需要将根据旧基因组版本分析的结果转换到新的版本,如 hg19 -->> hg38 。

How it works?

pipeline

Algorithm

Installation

pip install crossmap
conda install -c bcbio crossmap

Usage

python CrossMap.py bed hg18ToHg19.over.chain.gz test.hg18.bed3


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