法律分析：根据我国刑事诉讼法和民事诉讼法的规定，职务犯罪案件的判决执行程序中，被害人可以向执行法院申请赔偿，赔偿金的支付方式一般有三种：被告人自行支付、财产划拨支付和保险公司代为支付。
法律依据：
1.《刑事诉讼法》第七十六条：被害人在刑事诉讼中取得判决确认其民事权利的，有权向执行法院申请执行，并可以就其损失向被告人提出赔偿请求。
2.《刑事诉讼法》第七十七条：判决确定赔偿数额的，对被告人的财产予以划拨或者责令其支付；被告人支付不起的，可以由保险公司代为支付。
3.《民事诉讼法》第一百一十二条：判决或者调解书确定的义务不履行的，可以强制执行；当事人不履行支付金钱给付义务的，可以责令其在规定期间内支付；逾期不支付的，可以依法强制执行。
综上所述，职务犯罪案件的判决执行程序中的赔偿金可以通过被告人自行支付、财产划拨支付和保险公司代为支付等方式来进行支付。但如果被告人不能支付或拒不执行判决，执行法院可以采取强制执行措施。
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