缩写词AcrAmpAPSbpBSAcDNAddH20DEPCDMSODNA心TPDTTE.coliElE2E3EDl’AERERADGAPDHIPTGLBM.MLVmRNAOD缩写词表缩写词表英文acrylamideampicillinammoniumpcrsulfatebasepair(s)bovineserumalbumincomplementarydeoxyribonucleicaciddoIlbledistilledwaterdiethylpyrocarbonatedimethylsulfoxidedeoxyribonucleicaciddeoxynucleosidetriphosphatedithiothreitolEseherichiacoliUbiquitin-activatingenzymelUbiquitin—conjugatingenzymeUbiquitin-proteinligaseethylenediaminetetraaceticacidEndoplasmicreticulumER-associateddegradationGlyceraldehyde3-phosphatedehydrogenaseIsopropyl-·B--D-·thiogalactopyranosideLllria—BertanimediumMoloneyroutineleukemiavirusmessengerribonucleicacidopticaldensityⅡ中文丙烯酰胺氨苄青霉素过硫酸铵碱基(对)牛血清白蛋白互补DNA双蒸水焦碳酸二乙酯二甲基亚砜脱氧核糖核苷酸脱氧核苷三磷酸二硫苏糖醇大肠埃希菌泛素激活酶泛素交联酶泛素蛋白连接酶乙二胺四乙酸内质网ER相关降解3磷酸甘油脱氢酶异丙基硫代半乳酸糖苷LB培养基莫氏鼠白血病病毒信使核糖核酸光密度值PAGEPCRPDPEGPIPESPMSFRINGRNART-PCRSDSDSTBETBSTTEMED田M%sX—gal缩写词表polyacrylamidegelelectrophoresispolymerasechainreactionParkinson’Sdiseasepolyethyleneglycolpiperazine-N,N'-bis·(2一ethanesulfonicacid)PhenylmethylsulphonylfluorideReallyinterestingnewgeneribonucleicacidreversetranscriptionpolymersechainreactionsyntheticdropoutsodiumdodecylsulfatetris/boficacid(buffer)TrisbufferedsflinecontainingTween20N,N,N’'N’-tetramethylethylenediaminetransmembranetris-(hydroxymethyl)aminomethane5-bromo--4-chloro-3-indolyl—B—D—galactopyranosideIII聚丙烯酰胺凝胶电泳聚合酶链反应帕金森氏病聚乙二醇哌嗪一N,N’一双(2一乙磺酸)苯甲基磺酰氟真正感兴趣新基因核糖核酸逆转录聚合酶链反应SD培养基十二烷基硫酸钠Tris/硼酸电泳缓冲液Tris洗膜缓冲液N,N,N’,N’.四甲基乙二胺跨膜结构三(羟甲基)氨基甲烷5.溴一4一氯一3一吲哚一D—D一半乳糖苷酶同济大学学位论文原创性声明本人郑重声明:所呈交的学位论文,是本人在导师指导下,进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外,本学位论文的研究成果不包含任何他人创作的、已公开发表或者没有公开发表的作品的内容。对本论文所涉及的研究工作做出贡献的其他个人和集体,均已在文中以明确方式标明。本学位论文原创性声明的法律责任由本人承担。签名:.年月日学位论文版权使用授权书本人完全了解同济大学关于收集、保存、使用学位论文的规定,同意如下各项内容:按照学校要求提交学位论文的印刷本和电子版本;学校有权保存学位论文的印刷本和电子版,并采用影印、缩印、扫描、数字化或其它手段保存论文;学校有权提供目录检索以及提供本学位论文全文或者部分的阅览服务;学校有权按有关规定向国家有关部门或者机构送交论文的复印件和电子版;在不以赢利为目的的前提下,学校可以适当复制论文的部分或全部内容用于学术活动。学位论文作者签名:年月日经指导教师同意,本学位论文属于保密,在本授权书。指导教师签名:年月Et年解密后适用学位论文作者签名:年月日第部分基因在内质网应激巾-的作用⑧TEB4摘要摘要目的:利用已有的TEB4截短体基因重组质粒和TEB4的RNA干扰重组质粒转染入胚肾293细胞,建立TEB4过表达及其RNA干扰细胞模型。毒素诱导细胞模型发生内质网应激,检测细胞内质网应激相关基因(CHOP、GRP78、GRP94)表达的变化。探讨某些毒素诱导内质网应激时,TEB4截短体基因对内质网应激相关因子mRNA和蛋白水平表达的影响,及其在细胞应激中的作用。方法:l、用脂质体转染法将TEB4截短体重组质粒(pEGFP.TEB4)和TEB4的RNA干扰片段重组质粒(pSuper-EGFP.RNAi)分别瞬时转染人胚肾293细胞,建立相应的TEB4截短体过表达细胞模型和TEB4干扰细胞模型。以分别转染pEGFP-N2和pSuper.EGFP质粒的293细胞为对照组。2、实时荧光定量PCR(RT.PCR)、Westernblot法检测各组细胞模型中TEB4的表达,以确定细胞模型是否制备成功。3、转染48小时后,分别以鱼藤酮、衣霉素和A1325.35蛋白诱导各组细胞模型发生内质网应激,在毒素作用不同时间收获细胞,RT.PCR、Westernblot法测定内质网应激相关因子CHOP、GRP78和GRP94在不同细胞模型组中的表达,探讨TEB4在内质网应激中的作用。结果:l、RT.PCR、Westernblot法分别检测到EGFP.TEB4过表达细胞模型组中TEB4的mRNA水平的表达量是其对照组pEGFP-N2的2.02倍,蛋白水平的表达量是其对照组pEGFP.N2的1.13倍;相对于对照组pSuper-EGFP,EGFP.I埘灿干扰细胞模型组中TEB4的mRNA水平及蛋白水平的抑制率分别是62.96%和60.82%。表明细胞模型建立成功。2、衣霉素诱导的内质网应激中,24小时和48小时,TEB4干扰组中GRP78、GRP94的mRNA和蛋白水平都明显高于TEB4过表达组(p<O.0l,p<0.01);各组间CHOP的表达无论是mRNA水平还是蛋白水平都没有显著差异。A1325.35蛋白诱导内质网应激作用4小时,TEB4干扰组中CHOP的mRNA和蛋白水平都明显高于TEB4过表达组(p<0.05,p<O.05);而24小时后,CHOP的mRNA和蛋白水平表达量很低,各组之间没有显著差异。作用24小时后,TEB4干扰组中GRP78的mRNA和蛋白水平都明显高于TEB4过表达组(p<0.01,p<0.05)。在鱼藤酮诱导细胞后未检测出基因明显表达变化。摘要结论:在衣霉素和A1325-35蛋白诱导293细胞发生内质网应激中,TEB4截短体缓解了应激引起的CHOP、GRP94和GRP78基因的表达上调。关键词:TEB4,内质网应激,实时荧光定量PCR,Westernblot,293细胞2ABSTRACTABSTRACTObjectiveWiththeperseveratedover-expressingandintefefingTEB4fractiononmodels,tounderstandtheeffectofTEB4fractionsomeER-relatedgene(CHOP,inthehumanGRP78,GRP94)ontheconditionofendoplasmicreticulum(ER)stressembryokidney293cells.Methods(1)TheserecombinantionspEGFP-TEB4andpSuper-EGFP-RNAiweretransfectedinto293cellsusingLipofectarnine,withplasmidspSuper-EGFPandpEGFP-N2ascontr01.(2)AllA1325-35ofthecellgroupswereexposedtoRotenone,TunicamycinorrespectivelytoasinduceERstress.TheexpressionofERStre辎-relatedgenessuchwesternblot.CHOP,GRP78andGRP94WastestedbyRT-PCRandResults(1)TEB4over-expressingfractiongeneWascheckedtobeexpressinghighlyingroupEGFP-TEB4cells;andtobeknockeddowngreatlyininterferinggroupofEGFP-RNAicells.Thecellmodolsweresucessfullyconstructed.a(2)ExposureGRP78andofallthecellgroupstoTunicamycinresultedinsignificantincreaseofGRP94.Theywereup—regulatedmoresignificantlyininterferinggroupafter24thaninover-expressinggroupandany48hours(p<o.01;p<0.01).CHOPWasdiscreasedgraduallyandCannotfounddifferenceafter48hours.TheexpressionofgeneCHOPWasupregulatedafterthaninover-expressinggroupafter4Afl25.35inducedERstressininterferinggroupofgeneGRP78hours(p<O.05).Theexpressionstress24WasupregulatedafterAfl25-35inducedERhoursininterferingofthesegroupthaninnoover-expressinggroup(p<0.05;p<0.05).TheexpressiongenesWasobviousdifferencewhenthegroupsOilexposedtorotenoneandtheexpressionofgeneshowednodifferenceConclusionsalltheseconditiOIIS.andTunicamycinAp25-35CaninduceERstressinthese293cellmodels,andTEB4fractionrepressedtheupregulationofCHOP,GRP94andGRP78geneduringERstress.3ABSTRACTKeyWords:TEB4,293cells,Real—TimePCR,westernblot,ERstress4第1章前言第1章前言1.1神经退行性疾病神经退行性疾病是老年人常见病,主要包括多巴胺能神经元退化造成的帕金森病(Parkinson)和胆碱能神经元退化引起的阿尔茨海默病(Alzheimer)。据报道神经元的老化、ATP合成障碍、氧化应激、感染、一氧化碳中毒以及基因突变、遗传倾向等与本病的发生有关。随着老龄化社会的加速到来,PD严重地危害着人类的健康和生命,也给社会带来了相当大的经济负担。阿尔茨海默病是~种常见的以进行性记忆、认知功能丧失为临床特征的神经退行性疾病。典型的脑病理特征是大量老年斑、神经元纤维缠结形成以及神经元丢失。目前就其发病机制有多种假说,包括胆碱能假说,基因假说,金属离子假说,13淀粉样蛋白(B~amyloid,A13)级联假说、tau蛋白过度磷酸化假说和突触功能障碍假说等。近年来的研究表明AD神经元死亡还与内质网(endoplasmicreticulum,ER)功能的异常有关【Ⅻ。帕金森病是以中脑多巴胺(Dopamine,DA)能神经元细胞内形成路易小体(Lewybody,LB)为主要特征的中枢神经系统病变性疾病。从目前研究来看,与遗传、环境因素、感染、衰老、氧化应激、自由基过多形成以及神经营养因子缺乏等有关,是多种机制协同作用的结剽11J。其特征性的病理改变是黑质细胞死亡,残存的黑质细胞胞浆内出现路易小体。PD按病因分为家族性和散发性。家族性PD被认为是基因缺陷所致,例如在一些PD家系中发现a-synuclein、parkin和UCHL.1基因突变【12】。这些突变基因均与泛素一蛋白酶体系统(ubiquitin.proteasomesysterm,UPS)有关。其中parkin是泛素E3连接酶,是主要涉及家族帕金森氏病的基因【13】,定位于6号染色体上,在多种组织表达。1.2内质网应激细胞应激是多细胞生物生命活动过程中不可缺少的组成内容,是其籍以存活的需要,贯穿生物全部寿命周期中。细胞应激作为维持机体自身稳定的重要负调节机制,不仅参与了胚胎发生、组织塑型、发育、衰老等生理过程,而且与许多疾病的发生有关。内质阿(endoplasmicreticulurn,ER)是一种非常重要的亚细胞结构,是分泌性蛋白及膜蛋白在细胞内进行折叠、修饰和组装的场所。ER内驻留有大量的分子伴侣蛋白和折叠酶,它们组建成了一个调控蛋白质折叠的“质控系统”。非折叠或错误折叠的多肽及没有组装好的蛋白将滞留在ER,然后通过泛素.蛋白酶体途径被清除,这就是所谓的ER相关的降解(ER-associateddegradation,ERAD)。第1章前言在病理情况下如蛋白质糖基化的抑制,钙离子稳态的改变,二硫键减少等可引发ER内非折叠或错折叠蛋白的聚集【5】。当非折叠或错折叠蛋白在ER内堆积超过生理条件下ER的处理能力时,称为ER应激。ER应激可激发细胞的非折叠蛋白反应(unfoldedproteinresponse,UPR),促进蛋白质的正常折叠或降解异常折叠的蛋白质,发挥细胞自我保护作用。而ER应激过度或反应机制的失调可导致异常折叠蛋白在细胞内过度堆积干扰细胞正常功能,或通过ER应激相关的凋亡途径引起细胞调亡,导致疾病的发生。UPR包括:(1)分子伴侣蛋白:免疫球蛋白结合蛋El(immunoglobulinbindingprotein,BiP)也称为葡萄糖调节蛋白78(glucoseGRP94和蛋白二硫键异构酶(proteindisulfideregulatingprotein78,GRP78)、isomerase,PDI)等表达增加以协助likeER错误折叠或非折叠的蛋白质正常折型6J;(2)通过PERK(PKRkinase,PERK)associated介导的途径减少蛋白质翻译;(3)激活ER相关蛋白降解(ERdegradation,ERAD)系统将无法修复的蛋白质由ER运输至胞浆,通过泛素一蛋白酶体系统降解【7J。如果ER应激过强,通过UPR机制不能修复蛋白质的异常改变,将导致细胞的损害或调亡。在UPR过程中,定位于ER的蛋白合成上调以增强未折叠蛋白的折叠能力,同时与ER相关蛋白降解有关的蛋白合成也同步上调,如HRDl/Der3tg]。CHOP基因属于C/EBP转录因子家族,常与该家族的其他成员形成二聚体。在非应激状态下,它的表达水平很低,而在内质网应激中,其表达量大大增加。有文献报道,CHOP的过表达导致细胞周期阻滞和细胞凋亡,CHOP是内质网应激的标志之一。CHOP能够下调B细胞淋巴瘤/白血病一2蛋白(B.celllymphoma/leukemia-2protein,Bel.2)的表达【4¨。目前认为伴侣蛋白BiP的上升能够阻碍细胞发生凋亡,但CHOP表达上调同时使细胞作好凋亡的准备,当不利因素持续存在、ERS过于强烈时,细胞就发生凋亡。ER应激存在于神经退行性疾病中,包括PD、AD、亨廷顿病(Huntingtonsdisease,HD)及其它多谷氨酰胺病等。蛋白沉积是许多神经退行性疾病的共同特征,神经细胞内蛋白的聚集影响了神经信号传递及轴突运输,并激活了与细胞死亡等有关的细胞内的信号通路。例如,Q-synuclein基因突变后可能减少含有神经递质的囊泡到达突触部位,使多巴胺从囊泡中丢失;同时基因突变导致这些蛋白的错误折叠增加并聚集在ER而诱发ER应激,使囊泡中的多巴胺进一步减少。Parkin蛋白的氨基端含有类似泛素的区域和两个RING结构域,在ERAD中发挥E3活性。在早发性PD中,Parkin常因发生突变而失去E3的活性。Parkin作为E3的蛋白底物已被发现,其中包括与G蛋白偶联的跨膜蛋白Pael受体(Pael—R),Pael—R的错误折叠形成聚集体,这种蛋白也发现于路易小体,说明Pael-R也能6第1章前言在PD中起直接作用。1.3泛素蛋白酶体系统泛素蛋白酶体系统(ubiquitin.proteasomesystem,UPS)是真核细胞内蛋白降解的主要生物化学通路之一,不仅负责细胞内突变、受损的和异常折叠的蛋白质的降解,调节短寿命蛋白质的水平,而且还参与调节细胞周期进程、基因转录调节、受体胞吞、抗原呈递、细胞增生与分化以及信号转导等各种细胞生理过程。泛素是一个高度保守的76个氨基酸的多肽,它以泛素单体或者多聚泛素链的形式存在。泛素要经过一系列反应才能结合到底物蛋白上,使底物发生泛素化,包括泛素激活酶(ubiquitin.activatingenzyme,UBA,E1),泛素交联酶(ubiquitin-conjugatingenzyme,UBC,E2)和底物特异性的泛素.蛋白连接酶(ubiquitin.proteinligase,E3),即多个泛素分子通过异肽键(isopeptidebond)附着在靶蛋白上,形成分支状的多聚泛素链,E3酶特异性地使泛素和底物蛋白结合,泛素化的蛋白被运送到26S的蛋白酶体而被最终降解,同时泛素被释放出并被重新利用。真核细胞蛋白质的泛素化修饰是仅次于磷酸化的最常见的调控方式之一【ll。TEB4本身也是一种内质网降解的底物,它依赖其N端的环指结构,通过蛋白酶体系统的作用方式促进自身降解。许多E3连接酶有一个特殊的共性,即依赖环指结构而诱导自身降解。TEB4和这些具有环指结构的蛋白一样,在蛋白酶体系统中由自带的环指结构诱导自身泛素化。这种自身诱导的降解可能起着调节过表达TEB4蛋白的作用,并且已在肿瘤坏疽因子的受体相关因子2(TRAF2)qh有显示。有些内质网膜相关RING—CH蛋Et(MARCH),如鼠科的微疱疹病毒1241mK3和Kaposi肉瘤疱疹病毒编码的kK3与kK5t251,能抑制细胞表面的姗C—I复合物与共刺激物分子(ICAIVI—l、B7.2)。过表达的TEB4和它的环指突变异种都不影响MIIC-1分子,Fas,TfR,CD4,和B7.2Oiassink样。泛素.蛋白酶体系统的异常引起细胞毒性蛋白的聚集可能在家族性和散发性PD的发病机制中起主要作用。目前,已有至少编码5种蛋白的基因的突变联系于PD.a-synuclein、Parkin、泛素C末端水解酶L1(UCH—LI)、DJ—l及PINKl。也已有大量的散发性PD患者蛋白酶体功能不良的证据。这些不同的变化通过不同的机制使得应该被清除的多余蛋白在细胞内堆积,导致PD发生。当Q-synuclein基因发生突变时,胞内a—synuclein蛋白异常折叠或表达过度,抵etal未发表)的表达,推定TEB4并不与其它一些MARCH蛋白的功能一抗蛋白酶体降解,引起胞内异常Q-synuclein堆积。大量Q—synuclein相互聚7第1章前言集,表现出神经毒性;同时,错误折叠和聚集的Q-synuclein直接诱发了线粒体功能丧失。Parkin基因突变导Parkin作为E3泛素蛋白连接酶的功能障碍。蛋白底物因不能被泛素化后降解而在细胞内聚集,这些底物可能蓄积引起神经毒性。同时,未被泛素化的蛋白聚集后,细胞对环境应激的敏感性大大增加,随后直接或间接激活细胞死亡通路。1.4TEB4蛋白TEB4蛋白(Membrane.associatedRING.CHIV,MARCHIV)是内质网膜镶嵌蛋白,其N端位于细胞质中,C端指向内质网内腔。它位于染色体5p15.2的10.4—10.5Mbp处,在对与TEB4同源的大鼠、线虫C、疟蚊和果蝇的氨基酸序列同源性比较时发现,TEB4的序列高度保守。Doal0(degradationofalpha2)是其在酵母中的同源体,具有E3连接酶活性。TEB4在许多器官表达,如心、脑、胎盘、肺、骨骼肌、肾、胰、脾、胸腺、前列腺、睾丸、卵巢和小肠,由此表明TEB4在细胞中参与广泛的看家功能。人TEB4蛋白由910个氨基酸组成,包含环指结构(RING.finger)域和十三个跨膜域。这个环指结构域位于蛋白的N端,具有特殊的C4HC3结构。环指结构是含有两个锌离子结合八个半胱氨酸(-cys)残基和组氨酸(.his)残基形成的双环,E3连接酶的环指结构是由cys和his残基的不同排列形成的12J。它是许多基因具有泛素连接酶作用的重要结构,参与了膜相关E3连接酶的催化反应。有的蛋白带有非典型的环指结构,如Parkin中发现的双环指结构。目前,在啤酒酵母中已确认存在两种E3连接酶,分别是Hrdl/Der3[2sJ和DoalO。Doal0是TEB4在酵母中的同源体,编码的蛋白为151KD。在TEB4和Doal0蛋白内区的第650至第800残基处存在一个氨基酸序列相似部位,称为TEB4.Doal0(TD)域[41。在对细胞质酵母杂交因子a2(faetor-a2)降解的研究中,Doal0被确认为是一个新的E3泛素连接酣291。它由一种降解指示信号Degl促进蛋白的泛素化。Degl存在与酵母杂交因子a2(factor-a2)的N端残基中。在发挥E3连接酶活性时,DoalO依赖于泛素耦连酶(EZ)Ube6和Ubc7。一些底物的降解信号最初是在酵母中被确定【3引。产生这些底物的酵母蛋白是以泛素连接酶Doal0做为研究对象的。因此作为酵母Doal0的同源体,对人类TEB4基因的缺损与神经退行性疾病的关系的研究,具有很大的研究意义。在泛素结合酶参与的赖氨酸残基特定位点的泛素反应中,与TEB4蛋白分离的环指结构在体外能催化泛素的连接【11。这些特性与E3酶有关。TEB4自身是内质网降解的酶作用底物,以依赖环指结构的方式促进降解。在与TEB4同源的大鼠、线虫C、疟蚊和果蝇的氨基酸序列核对时发现,TEB4的序列高度保守。TEB48第1章前言在不同种属之间表达的高度保守性和组织表达的广泛性‘¨,N.一末端典型的环指结构域及其表现出的泛素一蛋白连接酶活性,都显示出TEB4在维持细胞内蛋白含量和正常代谢中起着重要作用,以及TEB4与神经退行性疾病的紧密相关性。本实验室长期从事神经分子生物学方面的研究【15.16肿】。我们通过比较帕金森病人脑组织黑质区和其它区域的多巴胺能神经细胞,发现TEB4截短体基因,并且TEB4截短体在无路易小体的多巴胺能神经细胞中高表达【l引。推测其与PD等神经退行性疾病紧密关联。TEB4包含两种剪接体,一种是全长,另一种是截短体。经证实,在脑内TEB4以截短体的形式存在,它的截短体剪切掉了其N.末端包括RING结构域在内的420个氨基酸序列,只保留C.末端490个氨基酸序列。下图是包含910个氨基酸残基的TEB4全长与脑内包含490个氨基酸残基的TEB4截短体的关系示意图。NH2CooH910个氨基酸残基含C4HC3RING结构域的TEB4全长NH2COOH490个氨基酸残基的TEB4截短体为什么TEB4截短体基因在无LB的多巴胺能神经细胞中高表达?这是否影响神经退行性病进程?其具体作用机制是什么?为了进一步研究TEB4的这些相关作用,本实验室已经成功构建TEB4截短体表达重组质粒和RNA干扰重组质粒。在此基础上,选取三种毒素构建神经细胞损伤模型,进而观察TEB4基因在细胞应激中的作用。A13蛋白(AmyloidB.protein)是淀粉样前体APP蛋白的代谢产物啪1,它在Yankner等首先脑组织中含量的异常增加是AD脑神经细胞的凋亡的主要诱因。观察到较高浓度的Ap能引起神经元退化和死亡,并证实引起毒性的必需结构是其25~35位的氨基酸序列(AB25-35)口¨。衣霉素(tunieamyein)为放线菌(Streptomyceslysosuperficus)产生的核苷酸抗生素。可抑制具有被膜(envelope)的病毒的繁殖。它是目前常用的内质网应激诱导剂,尤其在体外研究中,广泛应用于对细胞内质网应激反应性细胞凋亡的机理研究、各种致病因素与内质网凋亡途径之间的关系研究等。鱼藤酮(rotenone)对多巴胺神经元具有神经毒性作用,作为PD.致病的一个环境危险因子,已成为PD研究的热点。故本文分别以衣霉素、鱼藤酮和A1325.35蛋白诱导人胚肾293细胞发生内质网应激,9第1章前言实时荧光定量PCR法和WesternBlot技术测定内质网应激相关因子CHOP、GRP78和GRP94在293细胞中的表达。结果显示TEB4截短体蛋白参与调解内质网应激相关因子的表达。10第2章材料第2章材料2.1材料2.1。1菌株与细胞株DH5a大肠杆菌:本实验室保存人293细胞:由上海复旦大学医学院惠赠2.1.2质粒pEGFP-N2为本实验室保存pSUPER-EGFP为本实验室保存2.1.3主要仪器及物品超净工作台:吴江市江南净化工程有限公司高速冷冻离心机:Biofuge15R,HeracussepatchSpeedVacRPlusSC110,savant培养箱:FormaScientific显微镜:Olympus紫外投射仪:上海长明光学电子仪器厂凝胶成像系统:UVPPCR仪:PERKINELMER,Bio-Rad公司电子天平:DeltaRange水浴箱:PharmaciaBiotech紫外分光光度计:DUR640Spectrophotometer,becman电泳仪:江苏兴化市分析仪器厂实时定量PCR仪:FTC2000荧光定量分析仪深低温冰箱:ThermoSpectronic公司垂直电泳设备:BIO—RAD电转移装置:上海天能仪器设备厂PVDF膜:PharmaciaBioteeh第2章材料定性滤纸:上海博光生物有限公司铝箔纸:上海友生实业有限公司0.22滤器:SartoriusAG37070Goettingen脱色摇床:江苏海门市其林贝尔仪器制造有限公司六孔板、6mm培养皿:Costar公司2.1.4主要试剂及试剂盒M-MLV逆转录酶:Promega公司T4DNALigase:TaKaRa公司限制性内切酶:TaKaRa公司DNA凝胶回收试剂盒:Qiagen公司质粒小量抽提试剂盒:上海博光生物公司质粒中量抽提试剂盒:北京天为时代科技有限公司脂质体转染试剂盒Lipofectamine2000:庆大霉素:上海博光生物公司G418及buffer:上海博光生物公司Invitrogen公司Formanza溶解液:上海博光生物公司胎牛血清:BIOCHROMAG公司Taq酶、dNTP、RNA酶抑制剂、LoadingBuffer:TaKaRa公司DMEM冻干粉:Gibco公司非必需氨基酸:Gibco公司丙酮酸钠:Giboo公司蛋白酶抑制剂:Sigma公司Kit:TaKaRa公司PiereeBCAProteinAssayRT-PCR(realAmyloidtime试剂盒):TaKaRa公司13-proteinfragment25-35:Sigma公司鱼藤酮:Sigma公司衣霉素:Sigma公司12第2章材料抗体Grp94antiboby:CellSignaling公司Purifiedanti—chop(GADDl53):BioLegend公司Monoclonalanti-13-actin:Sigma公司MARCH6monoclonalantiboby:AbnovaCorporationGrp78/Bip.ABCAM公司Anti-rabbitIg-ROCKLAND公司Anti-mouseIg-ROCKLAND公司’其余国产试剂均为分析纯。普通PCR所用引物由上海Ivitrogen公司合成。定量PCR’所用引物由上海Ivitrogen公司合成。13第3章方法第3章方法3.1质粒的去内毒素中量抽提质粒中量抽提按博大泰克有限公司去内毒素质粒中抽试剂盒操作流进行。所提取的重组质粒EGFP.TEB4、EGFP.RNAi、EGFP-N2和pSuper.EGFP均为实验室保存。操作步骤如下:将50ml过夜培养物离心,使细菌沉淀,弃上清。用2ml溶液I振荡至彻底悬浮细菌,然后加入3ml溶液Ⅱ,立即轻柔颠倒离心管数次,至菌体充分裂解,随后将离心管放置于冰上5—10min,加入3ml溶液IⅡ,立即温和颠倒离心管数次,有絮状沉淀出现,室温放置10ml。12000rpm离心10分钟。取上清到一个干净的15ml离心管中,随后加入0.6倍体积的异丙醇,混匀后于.20"12放置30min,12000rpm/4‘C离心25min。去掉上清收集沉淀,溶于250plddH20并加入250110mg/mlRnaseA,37℃保温30min。加入等体积的结合缓冲液,混匀后转移到离心吸附柱中,12000rpm离心lmin,倒掉收集管中的液体。加入80001漂洗缓冲液,静置1min后于12000rpm离心lml,倒掉收集管中的液体。重复两次。再次12000rpm离心2min,倒掉收集管中的液体。小心取出离心吸附柱将其转到一个干净的1.5ml离心管中,加入15001ddH20洗脱DNA,放置1分钟,12000rpm离心1分钟,收集洗脱液,.20℃保存。紫外分光光度法检测抽提得到的重组质粒的浓度。3.2.细胞转染3.2.1培养液及试剂配制(1)DMEM培养液:DMEM培养基一袋(1L),NaHC032.4389,HEPES2.383lg,ddH20800ml。用1MHCI调节PH值至7.2---7.4,定容至1000ml,0.2pan滤膜过滤分装,4℃备用。(2)标准培养基:胎牛血清20ml+庆大霉素500ul+DMEM培养液176m1+非必需氨基酸2ml+丙酮酸钠2ml,DMEM培养液定容至200ml,4"C保存备用。(3)0.04%EDTA:EDTA-Nalg,NaCL409,KCllg,Na2HP045.759,KH2P0419,调节PH值至7.2~7.4,定容至250ml,即为10倍浓缩液。高温高压消毒(121℃,20分钟),4"C保存,使用时稀释10倍。(4)(3418.19G418粉剂溶解于2.5mlG418Buffer,即为400mg/ml浓缩液,使用时每100ml培养液中加200ul浓缩液,即终浓度为800pg/ml。.(5)0.25%胰酶:胰蛋白酶0.259,EDTA液100ml,搅拌混匀,抽滤分装,一20℃保存备用。14第3章方法(6)细胞冻存液:按胎牛血清:DMSO=9:l配制。(7)胎牛血清(Fetal.20℃保存备用。(8)庆大霉素:使用时每100ml培养液中加250ul硫酸庆大霉素注射液,即终浓度为10ng/ul。3.2.2实验步骤3.2.2.1calfserum,FCS)分装:超净工作台内分装为20ml/支,293细胞的培养及传代用标准培养基培养细胞,C02细胞培养箱(5%C02,374C)孵育细胞,每2"-'3天换液一次。细胞呈单层生长到70%左右即进行细胞传代。细胞传代:去除培养瓶内的培养残液,加入0.04%EDTA,漱洗后吸出,再加入100---200ul0.25%胰酶(覆盖整个瓶底),37℃孵育3-5分钟。镜下观察细胞形态变化,待细胞变圆,折光增强,用含血清培养液中止消化,反复吹打瓶壁,制成细胞悬液,移入离心管,1500rpm,室温离心5分钟后,去上清,用新鲜培养液悬浮沉淀,以3-4x104个细胞/ml浓度传代,置于C02培养箱(5%C02,37℃)继续培养。3.2.2.2细胞冻存方法用0.25%胰酶消化细胞,1500rpm室温离心5分钟后去上清,用适量冻存液悬浮细胞,制成浓度为l'5x104个细胞/ml的细胞悬液,加入1.5ml于灭菌冻存管内,依次置4"C30分钟,.20"(22小时,最后移入液氮中。3.2.2.3瞬时转染293细胞株(1)取对数生长期贴壁293细胞株接种至6孔培养板,18小时后,进行基因转染;(2)将pEGFP—TEB4质粒21.tg加无血清培养液1001上1;置于1.5ml离心管室温下混匀放置5分钟;(3)将脂质体Lipofectamine刑200021.d加无血清培养液100肛1;置于1.5ml离心管混匀,室温下放置5分钟;(4)将(2)和(3)置于1.Sml离心管混匀,室温下放置20分钟;(5)将(4)中混匀的DNA与脂质体混合物加入6孔培养板,200pF孔;培养板移入37"(2含5%C02温育转染6小时;(6)换液,加入含IO%FCS的DMEM培养液放置于37℃培养箱中继续培养,培养24"--48小时后在倒置荧光镜下观察绿色荧光蛋白的表达情况。将TEB4转染的293细胞记为EGFP.TEB4。第3章方法(7)以同样方法得到pSuper-EGFP-RNAi、pEGFP-N2以及pSuper-EGFP表达的293细胞,分别记为EGFP.RNAi、EGFP.N2和pSuper-EGFP。3.3定量PCR检测TEB4基因过表达和干扰效果3.3.1细胞总RNA的提取EGFP.TEB4、EGFP.RNAi、EGFP.N2、pSuper-EGFP细胞分别培养于6mm培养皿中,培养液lml/每孔,37"C,5%C02细胞培养箱中培养48小时,收获细胞。本实验采用传统RNA抽提方法,抽提EGFP.TEB4、EGFP.RNAi、EGFP-N2和pSuper-EGFP的RNA。操作步骤如下:(1)6mm培养皿培养48小时,用0.25%胰酶消化细胞3分钟,加入Trizol试剂lml/每孔,分别收集各孔细胞于1.5ml离心管中。10000rpm,室温离心10分钟后小心吸取上清至新的1.5ml离心管中。(2)加入200ul氯仿,剧烈震荡,室温放置lO分钟。(3)12000rpm,4"C离心15分钟。小心转移上层水相至新的1.5ml离心管。(4)加入异丙醇500ul,颠倒混匀,室温放置lO分钟。(5)12000rpm,4"C离心10分钟后弃去上清。(6)加入75%乙醇lml,洗涤沉淀。8000rpm,4℃离心5分钟。(7)重复步骤(6)。(8)沉淀空气干燥,溶解于20ulRNasefreewater,即为RNA。(9)抽提到的细胞RNA各取2ul用于比色定量和电泳检测,其余RNA分别10u1分装,于-60℃保存备用。紫外分光光度计检测RNA纯度和含量:(1)DEPC.H20清洗比色皿,加入400ulDEPC.H20,调零。(2)加入lulRNA溶液,充分混匀,读取260nm与280nm的吸光度数值。(3)计算A260/A2∞,分析RNA纯度。取lulRNA样品加入8ul甲酰胺,95℃变性5分钟后,加入缓冲液lul进行RNA电泳,检测其完整性。3.3.2逆转录将上一步骤得到的RNA进行逆转录,试剂采用大连TaKaRa公司的PrimeScfipt刑RT201d。reagentKitPerfectRealTtme逆转录试剂盒。逆转录总体系为操作步骤如下:(1)在微量离心管配制下列反应液,全量为201xl。16第3章方法TM5xPrimeScriptBuffer4山50pmol100pmol31xgOligodTPrimerRandom6mel'sTotalRNAPrimeScriptDEPC.H20TMRTEnzymeMixIl山至201.d(2)反转录条件如下:42℃85℃15分钟5秒3.3.3引物设计各段引物的设计依据GENEBANK上检索到的已知基因序列设计,并经同源性比较以确定引物特异性。所有引物由上海Invitrogen公司合成。表3.1。表3.1引物序列引物序列见3.3.4定量PCR反应PCR反应为两步法,试剂采用大连TaKaRa公司的SYBRPremix量PCR试剂盒。其中eDNAPremixExGreenExTaqTM定113I此(10倍稀释),引物1L(内含T£KaIhpL(终浓度0.2laM),2xSYBRTaqTM12.5IlExTaqHS,4×dNTPs,M92+,SYBRI等),加DEPC水至25pL。按下列条件扩增:95℃10秒预变性,然后95℃5秒,60℃15秒,72℃15秒,共40个循环。分别由引物TEB4和IB-Actin进行PCR,每个样品重复做两管。每次实验均设空白对照,空白对照为不加DNA模板。标准曲线的制作:选取对照组未转染293细胞的cDNA样本做标准曲线。样本做lO倍的梯度稀释,选取5个梯度(1倍、10倍、100倍、10.00倍、10000倍),在扩增过程中,FTC2000荧光定量分析仪自动读出Ct值,并以模板浓度的对数值为横坐标,17第3章方法Ct值为纵坐标,绘制出标准曲线。根据标准曲线计算样本mRNA的相对浓度:利用待测样本的Ct值(两个复管的平均值)求出相应的基因拷贝数,以待测基因的拷贝数与内参的拷贝数的比值作为检测结果,计算出EGFP.TEB4、EGFP.RNAi、EGFP-N2以及pSuper-EGFP细胞内TEB4基因的mRNA的相对表达量。3.4RT-PCR方法检测各细胞模型组CHOP、GRP78、GI冲94基因的表达3.4.1诱导293细胞发生内质网应激(1)细胞转染与分组:EGFP.TEB4、EGFP-N2、EGFP.RNAi、pSuper-EGFP分别转染293细胞,依次记为:过表达组、过表达对照、干扰组、干扰对照(图3.1),37℃,5%C02细胞培养箱中培养。(2)培养48小时后,每孔分别加入299/mL的衣霉素、20rtM/L的Ap25.35和0.41.LM/L的鱼藤酮培养液,37℃继续培养。(3)按图3.1所示时间段收集各组细胞,标记。每组细胞均做两个复孔,条件完全相同。图3.1细胞分组EGFP-TEB4EGFP-N2EGFP—RNAipSuper·EGFP瞬时转染293细胞过表达组过表达对照干扰组干扰对照每转染组分别诱导内质网应激l…·……}_…—一—]鱼藤酮A-fk3j收获细胞收获细胞衣霉素4小时12,j、时24小时48小时收获细胞收获细胞收获细胞收获细胞18第3章方法3.4.2cDNA的获得提取细胞总RNA(见3.3.1),逆转录合成eDNA(见3.3.2)。3.4.3引物设计各段引物的设计依据GENEBANK上检索到的已知基因序列设计,并经同源性比较以确定引物特异性。所有引物由上海申能博彩生物技术科技公司合成。引物序列见表3.2。表3.2引物序列3.4.4RT-PCR反应RT-PCR反应(见3.3.4)。3.5Westernblot检测TEB4基因过表达和干扰效果3.5.1试剂配制(1)蛋白裂解液:NaCIO.99、TrisEDTAlml、10%NP-4010ml,ddH200.799、Na-deoxychoate0.259、100mM80ml。用1MHCl调节PH值至7.4j定容至100ml。lOml分装,4℃备用。(2)5xTfis-GlyeineBuffer:"Iris15.19+Glycine949+SDS59,定容至lL,室温保存备用。(3)5xSDS—PAGELoadingBuffer:1M"Iris—HCL(PH6.8)1.25ml,SDS0.59,BPB25mg,甘油2.5ml,定容至5ml,500pF管分装,室温保存备用,使用前每500ul中加入13.巯基乙醇25山。(4)膜转移缓冲液:强s5.89+Glycine2.99+SDS0.379,定容至800ml后,19第3章方法加入200ml甲醇,室温保存备用。(5)TBSTBuffer:IM"Iris-HCL(PH8.0)20ml,NaCl8.89,Tween200.5ml,搅拌混匀,定容至lL,4"C保存备用。(6)StrippingSolution:60mMTris,2%SDS,HCL调节PH值至6.7,室温保存。用时每lOml中加入B.巯基乙醇701.d。3.5.2实验步骤3.5.2.1蛋白裂解液收获细胞EGFP.TEB4、EGFP—RNAi、EGFP-N2和pSuper-EGFP细胞分别于6mm培养皿中,培养液lml/每孔,37"C,5%C02细胞培养箱中培养48小时,收获细胞。操作步骤如下:(1)用0.25%胰酶消化细胞,分别收集各细胞于1.5ml离心管中。10000rpm,室温离心1分钟后弃上清。(2)加入lml冰冷的1×PBS,反复吹打。(3)12000rpm,4"C离心1分钟,弃上清。(4)重复两次。(5)加入100ul蛋白裂解液(含蛋白酶抑制剂),彻底悬浮,置于冰上15.30分钟。(6).20℃冷冻l小时。(7)13000rpm,4"C离心15分钟,吸取上清,转移至新的1.5ml离心管中。(8)分装,于一20℃保存备用。3.5.2.2检测蛋白浓度试剂采用美国PierceBCAProteinAssayKit蛋白定量试剂盒。按照表3.3制备标准曲线。表3.3制备BSA标准曲线第3章方法标准曲线的制作,操作步骤如下:(1)待测蛋白样品和6种标准曲线试剂各取10ul加入96孔培养皿中,每个样品做两个复孔。(2)加入工作液(WorkingReagent,WIpA混匀。(3)避光37℃孵育30分钟。10ml+B0.2m1)200ul于96孔板中,(4)待降至室温,用酶标仪562nm波长读取读数。(5)以吸光度的平均值为横坐标,浓度为纵坐标,绘制出标准曲线。(6)根据标准曲线计算样本蛋白的浓度。3.5.2.3Westernblot技术(1)按照表3.4配制SDS—PAGE电泳凝胶。蛋白样品上样约25-3099/每孔:电泳条件:起始电压60V,当示踪染料至浓缩胶时改为120V恒压电泳90分钟。表3.4SDS.PAGE电泳凝胶成分H203.34.O2.5O.1O.10.004H203.40.83O.63O.050.050.00530%丙烯酰胺1.5m/130%丙烯酰胺lm/1Tris(PH6.8)Tris(PH8.8、l10%SDSlO%APSTEMEDlO%SDS10%APSTEMED(2)电转移:电泳结束后用夹心方法把滤纸、凝胶、PVDF膜、滤纸依顺序排放,用海绵布、筛孔板固定,插入电转移槽中,加入膜转移缓冲液;确保凝胶在阴极,PVDF膜在阳极方向。电转移条件120V,1.1.5小时。注意PVDF膜先于甲醇浸泡5秒,使其处于无机状态。(3)PVDF膜用丽春红快速染色,蒸馏水冲洗后TBSTBuffer缓冲液洗涤3次,每次5分钟。(4)PVDF膜置于5%脱脂奶粉的TBSTBuffer缓冲液中,室温封闭1小时。(5)一抗按表3.5稀释于含3%脱脂奶粉的TBSTBuffer缓冲液,PVDF膜孵育在含有一抗的杂交袋中,4℃过夜。(6)TBSTBuffer缓冲液洗涤PVDF膜3次,每次10分钟。(7)二抗以1:1000倍稀释于含3%脱脂奶粉的TBSTBuffer缓冲液,PVDF21第3章方法膜置于在含有二抗的杂交袋中,除去气泡,室温孵育1小时。(8)TBSTBuffer缓冲液洗涤PVDF膜3次,每次10分钟。(9)OdysseyBLOT仪器扫描结果并保存。(10)用StrippingSolution洗PVDF膜,具体步骤如下:TBS缓冲液洗涤PVDF膜2次,Stripping缓冲液57"C孵育25分钟,TBST缓冲液洗涤3次,每次10分钟。表3.5一抗稀释比例3.6Westernblot方法检测各细胞模型组CHOP、GRP78、GRP94基因的表达3.6.1诱导293细胞发生内质网应激用终浓度为2肛g/mL的衣霉素、终浓度为209M的Ap25-35和终浓度为0.49M的鱼藤酮诱导293细胞发生内质网应激(见3.4.1)。3.6.2细胞总蛋白的获得提取细胞总蛋白(见3.5.2.1),蛋白浓度测定(见3.5.2-2)。3.6.3Westernblot法Westernblot法(见3.5.2.3)。3.7统计学处理所有数据均以均数士标准差(i±s)表示,SPSSl3.0T检验分析各组数据。第4章结果第4章结果41荧光显微镜下观察细胞转染结粜分别用EOFP-TEB4、EGFP-N2、BOFP—RNAi及pSuI蜘-EGFP质粒转染入293细胞。转染48小时后,荧光显徽镜下观察细胞表达绿色荧光蛋白的情况。在白光下这两种细胞形态完整清晰,活力较好。在激发光下,视野中的绝大多数细胞都发绿色荧光(图41)。说明细胞已经成功转染。12^C互图4IEGFP-TEB4、EGFP-N2、EGFP-RNAi及pSuper-EGFP细胞荧光照片^:EGFP-TEB4细胞;B:EGFP-N2细胞;D。pSuper-EGFP细胞;A2-D2:普通显徽镜:oF日3FP-RNAi细胞;Al·DI:荧光显徽镜42总RNA鉴定421%琼脂糖凝胶电泳检测总RNA的完整性分别提取EGFP-TEB4、EGFP-N2、EGFP-RNAi及pSuI把r-EGFP4组细胞的总RNA。电泳后28srRNA和18srRNA条带清晰,荧光强度之比接近2,提示RNA保持较完整而未发生降解。电泳分析结果见图4.2。第4章结果●。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。——慷基皇:L—1234288188蚓4.2细胞株中总RNA也泳踟l:EGFP-TEB42:EGFP.N23:EGFP_RNAi4:Dsuper-EGFP422总RNA纯度鉴定和定量取总RNAlul稀释于400ulDEPc水后测其OD2∞值RNA浓度(ug/u1)=0[kmX40X400/1000RNA各样品在260r岫与280nm的光吸收值之比均约I.8,说明RN^未发生降解及蛋白质污染。43应用荧光定量PeR方法检测过表达组和干扰组细胞中TF.B4的删^表达以起始拷贝鼓的自然对数为横坐标,以循环阈值为纵坐标。每次实验均可得到一条严格的直线型标准曲线,性线相关系数>0.蛾图4.3),实验准确性达到标准。对扩增产物进行溶解曲线分析和凝胶电泳,证明为特异性产物。3530詈2520l5TaRNA表选盘TEB4的标准曲线P40.210l-2.8802xR2=n9986图4.3同时以过表达组和干扰组细胞模型的c洲^为模板扩增肛Ac硎和TEB4(图4.4)。阻TEB4/}ACTIN的表达量比值(图4.5)显示:EGFP-TEB4过表达组第4章结果细胞模型中TEB4mRNA表达量是其对照EGFP-N2的2.02倍;而相对于对照组pSuper-EGFP,EGFP-RNAi干扰组细胞模型中TEB4mRNA的抑制率是62.96%a确定了EGFP-TEB4过表达组细胞模型中TEB4基因过表达和EGFP-RNAi干扰组细胞模型中TEB4的干扰效果,可以进行下面的实验。目4.4EGFP-TEB4、EGFP-N2、EGFP-RNAi、pSuper-EGFP∞cI)NAH为引物的扩增曲线●OOOO富;目赫《图4+5如MCTIN和TEB4E6FF-T咧脚卜”阱F卜”“9嚣箩293细胞中TEIM/B-ACTIN的mRNA表达量比值(i±s)444应用WesternBIot方法检测过表达组和干扰组细胞OIEa4的蛋白表达41蛋白含量测定以每孔吸光度的平均值为横坐标,浓度为纵坐标,每次实验均可得到一条严格的直线型标准曲线,性线相关系数>098(图46),实验准确性达到标准。第4章结果∞呻∞∞∞//o闰4.6蛋白测定标准曲线44.2WesternBIot检测TEB4蛋白表达情况一抗用TEB4抗体(marl—MARCH6)检测过表达组细胞模型和干扰组细胞模型中TEB4蛋白表达情况(图4.7)。以TEB4/p.ACTIN的表达量比值(图48)显示:EGFP-TEB4过表达组细胞模型中TEB4蛋白表达量是其对照组EGFP-N2的1.13倍;而相对于对照组pSuper-EGFP,EGFP-RNAi干扰组细胞模型中TEB4的蛋白抑制率是60.28%。确定了E(3FP—TEB4过表达组细胞模型中TEB4基因过表达和RNAi干扰组细胞模型中TEB4的干扰效果,可以进行下面的实验。TEB4J—J—一ACTIN矗_一一目4EGFP-TEB47WesternBlot检测TE84的蛋白含量3:EGFP-RNAi4:pSuper-EGFP2:EGFP-N2曲l2iio186¥0;0.4冒o2“”一”““9’”56”““19鬻图4.8293细胞中TEB44}ACTIN的蛋白表达量比值(i±s)第4章结果45衣霉素诱导的内质网应激RT-PCR法检测衣霉素诱导细胞内质网应激时各组细胞CHOP、ORP7¥、451GRP94基因的表达选择2119/ml的衣霉素分别作用于过表达组细胞模型和干扰组细胞模型24小时和48小时,荧光定量PCR检测CHOP、ORP78、GRP94基因的mRNA表达。结果显示:在作用24和48小时后,干扰组细胞模型中GRP78、GRP94基因的表达明显高于其对照组(p<0.05),且极明显高于过表达组细胞模型(p<001);过表达组细胞模型中GRP7¥、GRP94基因的表达明显低于其对照组(p<O.05),有显著性差异(图4.9-4.10);过表达组细胞模型中CHOP基因的表达明显低于其对照组(删.05),且极明显低于干扰组细胞模型(p<o.01),有显著性差异(图411)。|;;|缸巨io8『厂1HI”“跨址址簪蚓I山叫.第4章结果菖1譬0.9l品器一0.Tl麓0.4图41ICHOP基田在表霉索作崩24小时和48小时后的mRNA表达餐(i±s)(’p<005vscontr06##p<0叭vsTEB4)452WesternBlot方法检测衣霉素诱导细胞内质网应激时各组细胞CHOP、GRP78、GRP94基因的表达选择终浓度为21tg/ml的衣霉素作用过表达组细胞模型和干扰组细胞模型24小时和48小时,检测CHOP、GRFT8、GRP94基因蛋白水平的表达(图4.12)。结果显示,在作用24小时后,过表达组细胞模型中GRP7¥基因的表达明显低于其对照细胞(p<O.叭),干扰组细胞模型中GRP78、CHOP基因的表达明显高于过表达组细胞模型(p锄.01).有极显著性差异:48小时后过表达组细胞模型中GRP78、GRP94基因的表达明显低于其对照细胞(咖05),干扰组细胞模型中GRP78、GRP94基因的表达明显高于过表达组细胞模型(p<005),有显著性差异(图413.图4.15)。一一HCHOP^cTIN24h45h图412WesternBlot检蔫表霉素作用后的GRP79、GRP94和CHOP蛋白含量2:EGFP-N23:EGFP-RNAi4iI:EGFPoTEB4pSupe∞-EGFP第4章结果||;|缸圉(i±s))举0"3㈤圉善“4『。(i±,)川一LL出.一圈4.1S孔z}2f2hE:::ll吲mlCHOP基因在衣霉素作用24小时和48小时后的蛋白表达量(i±s)(#Ⅲ05vsTEB4)46AB"-35蛋白诱导的内质网应激第4章结果瓣肌护鞭“圉塑!至堕墨——0O00●口口口一因0血图4.18ORP94基因在AB25郴作用4小时和24小时后的mRNA表达董(i±g)(#p<005vsTEB4)462Western-blot检测AB2Ⅲ蛋白诱导细胞内质嗣应激时各组细胞CHOP、GRP78、GRP94基因的表达A赴”s蛋白经3TC24小时预处理后,以20IIM的终浓度分别作用于过表达组细胞模型和干扰组细胞模型4小时和24小时,检测CHOP、GRP78、GRP94基因的蛋白表达情况(图4.19)。结果显示:作用4小时后,过表达组细胞模型中CHOP基因的表达明显低于其对照组(p<005),干扰组细胞模型中CHOP基因的表达明显高于其对照组(P(005)和过表达组细胞模型(p<O01).有显著性差异(图426);在作用24小时后,过表达组细胞模型中GRP78基因的表达明显低于其对照组(p<005),干扰组细胞模型中ORP78基因的表达明显高于其对照组(p<o.05)和过表达组细胞模型(F仉05),有显著性差异(图421);0RP94基因的表达未受影响(图4.22)。CHOP3RP783RP94ACTIN图4.19WesternBlot检测AlS25.3s作用后的CHOP、ORP94和GP,P78蛋白含量1:EOFP-TEqB42:EGFP-N23:EGFP-RNAi4:psuper-EGFP第4章结果骖趾尉弘s『霞f警圈(i±。)瓤岫圉(i±。)i||;|0.8㈣圉图4.22ORP94基因在A赴5d5作用4小时和24小时后的蛋白表达量(i±s)第4章结果47鱼藤酮诱导的内质网应激471RT-PCR法检测鱼藤酮诱导细胞内质同应激时各组细胞CHOP、GRPT8、GRP94基因的表达选择终浓度为0.6“M的鱼藤酮作用于过表达组细胞模型和干扰组细胞模型12小时和24小时,检测CHOP、GRP78、GKP94基因的mRNA表达量。结果显示,作用24小时后,干扰组细胞模型中CHOP和GRF78基因的表达明显高于过表达组细胞模型(删05),有显著性差异(图425-426),GRP94基因的表达未受影响(图424)。蘸㈣目蘸岫庐图4.24GRP78基冈在鱼藤酮作用12小时和24小时后的nlRNA表达量(i±s)(#D哪05vsTEB4)第4章结果1lO000一≥型鞋霉00ild‰(#p<005”TEB4)26)。图425CHOP基因在鱼藤酮作用12小时和24小时扁的mRNA表达量(i±s)472Western—blot检测鱼藤酮诱导细胞内质网应激时各组细胞CHOP、GRP78、GRP94基因的表达选择终浓度为0.6pM的鱼藤酮作用于过表达组细胞模型和干扰组细胞模型12小时和24小时,检测CHOP、GRP79、GRP94基因的蛋白表达量(图4结果显示,CHOP、GRP78和GRP94基因的表达均未受影响(图4.27429)。G即叫GpP78图4.26WesternBlot检测鱼藤酮作用后的CHOP、GRP94和GRP78蛋白古量2:EGFP-N23:EGFP-RNAiI:EGFP-TEIM4:pSuper-EGFP第4章结果幽427图428要[蠹岫皿圉刨429CHOP基因在鱼藤酮作J{j12小时和24小时后的蛋白表达量(i±s)第5章讨论第5章讨论神经退行性疾病是老年人常见病,主要有多巴胺能神经元退化造成的帕金森病和胆碱能神经元退化引起的阿尔茨海默病。错误折叠蛋白沉积是许多神经退行性疾病的共同特征,神经细胞内错误折叠蛋白的聚集影响了神经信号传递及轴突运输,并激活了与细胞死亡等有关的细胞内的信号通路。本课题旨在研究TEB4截短体蛋白的表达变化对神经细胞的影响,从一个全新的侧面探讨神经退行性疾病的相关发病机制,为其进一步研究提供依据。泛素连接酶E3是泛素化反应中起关键作用的酶1221。所有的E3都具有高度的底物特异性。蛋白质翻译后特定的修饰经常作为其相应泛素连接酶E3识别的标志。环指结构为E2和底物提供居留位点从而使E2催化泛素转移到底物上田】。许多含有C3HC4的环指结构的蛋白已经发现具有E3连接酶活性,包括酵母Doal0和人MARCH蛋白。TEB4也属于MARCH蛋白,游离的TEB4环指结构在体外可催化泛素k48(48位点赖氨酸)特异的反应,并涉及泛素交联酶Ubc6和Ubc7。一些神经退行性疾病与泛素蛋白酶体参与的相关蛋白的水解有关,其中包括内质网相关蛋白的降解。内质网是真核细胞中蛋白质翻译合成和细胞内钙离子的储存场所,对细胞应激反应起调节作用。内质网内未折叠蛋白的堆积,钙离子失稳等多种因素可触发内质网应激的发生,通过非折叠蛋白应答能够促进蛋白质的正常折叠或降解异常折叠的蛋白质。Hassink,GEe]等人曾用10pg/ml衣霉素分别处理细胞4小时和8小时,从而抑制内质网内糖蛋白的正常折叠。实验结果显示,Doal0和Hrdl/Der3的表达量有显著差异。在酵母中,Doal0和Hrdl/Der3是已经确定的两种E3连接酶,Doal0的缺失导致内质网未折叠蛋白堆积引起轻微的应激反应,若同时缺失Doal0和Hrdl,应激反应将会进一步恶化。这些表明,Doal0是酵母ER应激和降解途径中的重要成分。基于帕金森病易感性模型,我们从PD脑黑质(SN)获得单一的含路易小体(LB)的和不含LB的多巴胺(DA)能神经元并进行RNA指纹图表达谱的分析【181,发现TEB4截短体片段在PD脑黑质区不含LB的DA能神经元表达高于含LB的相应细胞。TEB4是一个比较新的基因,已经确定它具有E3连接酶活性,与Doal0高度同源。为什么TEB4截短体基因在无路易小体的多巴胺能神经细胞高表达,这种截第5章讨论短体的表达产物已经删除了C3HC4环指结构域,是否仍然具有泛素连接酶活性?是否参与内质网相关应激途径的蛋白降解?其在神经细胞中有何作用?与神经退行性疾病有何关系?基于神经退行性疾病(SCA、PD、HD、AD等)的发病可能具有部分共有的机制,我们以期通过神经细胞模型探讨TEB4截短体在神经元细胞中的作用。本实验利用实验室成功构建的TEB4表达载体和RNA干扰载体瞬时转染人胚肾293细胞,建立TEB4干扰和过表达细胞模型,以鱼藤酮、衣霉素和AD25.35分别诱导细胞ER应激,检测ER应激相关因子的表达,借以推测TEB4与ER相关应激途径的关系,进一步研究其在神经细胞中的作用。本实验检测的ER应激指标——GRP78、GRP94和CHOP是内质网应激的标志性蛋白,很多文献报道上述三种指标与ER应激密不可分。它们已经成为研究ER应激不可或缺的途径之一。衣霉素是一种蛋白质N一糖基化作用抑制剂,通过抑制天门冬酰胺连接的多糖合成过程中GPT(乙酰氨基葡萄糖-l-P-转移酶)活性来抑制糖蛋白的合成H们。由于糖基化作用对蛋白的折叠和可溶性非常重要,并且多数分泌蛋白是N一糖基化蛋白,所以它是目前常用的内质网应激诱导剂,尤其在体外研究中,广泛应用于对细胞内质网应激反应性细胞凋亡的机理研究、各种致病因素与内质网凋亡途径之间的关系研究等H71。在衣霉素诱导的ER应激中,我们选择24小时和48小时这两个常用时间段进行研究。GRP78和GRP94基因48小时的mRNA和蛋白表达量均高于24小时,并且干扰组细胞模型中GRP78和GRP94基因无论mRNA水平还是蛋白水平的表达量都明显高于过表达组细胞模型。CHOP基因48小时的mRNA和蛋白表达量明显低于24小时,作用24小时后,干扰组细胞模型中CHOP无论mRNA水平还是蛋白水平的表达量都明显高于过表达组细胞模型;48小时后,CHOP的表达均无明显差异。结果显示,衣霉素诱导的ER应激中,TEB4截短体蛋白影响上诉三种基因尤其是GRP78、GRP94的表达。在应激条件下,未折叠蛋白在内质网腔内积聚,GRP78/Bip与未折叠蛋白的亲和力高于跨膜蛋白,跨膜蛋白与GRP78/Bip分离而被激活,同时引起内质网应激元件基因启动子区域激活【3引,这些基因包括GRP78/BiP、GRP94和蛋8-硫键异构酶(proteindiSHlfideisomerase,PDI)等分子伴侣蛋白及生长停滞及DNA损伤基因(geneforgrowtharrestandDNA第5章讨论damage,CHOP/GADDl53)1391。GRP94是热休克蛋白90家族的主要成员,抑制蛋白质翻译,减少蛋白质在内质网腔内的堆积,从而对细胞起保护作用,恢复蛋白质正确构像。本实验中,随着毒素作用时间增加,ER应激相关因子GRP78、GRP94的表达量也上调,说明ER应激压力逐渐增强,而TEB4过表达组细胞模型中GRP78、GI冲94的表达量的上调幅度都相对于对照组和干扰组细胞模型明显减小,mRNA和蛋白的检测结果很相似。推测过表达的TEB4截短体可能早期通过某些途径调解蛋白降解,减缓了内质网应激压力,从而使GRP78、GI冲94表达下调。在作用24小时后,过表达组细胞模型中CHOP基因mRNA水平的表达量上调幅度明显小于其对照组和干扰组。CHOP基因于48小时表达量很低,没有发现其表达差异。AB一淀粉样蛋白(AB)是阿尔茨海默病患者脑中老年斑的主要成分【4Il,由淀粉样前体蛋白经B一分泌酶途径代谢产生,已有大量研究证明A13具有神经毒性。A1325-35是从其前体蛋t刍APP上酶切下来的小肽,这一过程可在ER中进行。APP也属I型跨膜蛋白,在正常细胞中,分子伴侣蛋白BiP可与APP结合,抑制Ap25.35的产生[43】。研究发现A1325-35可通过ER途径介导细胞的ER应激和凋亡。Ap25-35--个显著毒性作用是使细胞内钙离子系统紊乱,激发ER内Ca2+向胞浆释放【3羽,ER内的Ca寸耗竭可诱发ER应激,而进入胞浆的Ca2+可激活钙蛋白酶,钙蛋白酶再激活caspase-12iJI起细胞凋亡㈣。另外,许多分子伴侣蛋白如GPR78等都是Ca2+结合蛋白【451,ER内的Ca2+耗竭可以影响这些蛋白质的功能进而影响蛋白质的折叠过程,加重ER应激,导致细胞损害。在gp25.35蛋白诱导的内质网应激中,CHOP基因无论mRNA水平还是蛋白水平24小时的表达量均明显低于4小时的表达量,且作用4小时后,干扰组细胞模型中CHOP基因的mRNA水平和蛋白水平的表达量明显高于过表达组细胞模型。Gl心78基因mRNA水平表达量24小时高于4小时,而蛋白水平表达量24小时略低于4小时;A艮5-35作用24小时后,过表达组细胞模型中GRP78基因的mRNA水平和蛋白水平的表达量明显低于干扰组细胞模型。该毒素对GRP94基因的表达的影响不明显。结果显示,A陀5-35诱导的内质网应激中,TEB4截短体蛋白影响CHOP和GRP78基因的表达。CHOP的激活是内质网应激反应的直接结果,也是内质网应激最早期的参与蛋白之一,在非应激状态下,它的表达水平很低,而在内质网应激中,其表达量大大增加。有文献报道,CHOP的过表达导致细胞周期阻滞和第5章讨论细胞凋亡,而CHOP的缺失可使细胞避免内质网应激诱导的凋亡。CHOP促进凋亡的机制包括下调Bcl-2表达、耗竭谷胱甘肽、促进反应氧族产生等;ATF6及PERK活化后能选择性诱导CHOP表达[40l,目前认为伴侣蛋白BiP的上升能够阻碍细胞发生凋亡,但CHOP表达上调同时使细胞作好凋亡的准备,当不利因素持续存在、ERS过于强烈时,细胞就发生凋亡。在内质网应激中,CHOP在凋亡信号通路中处于caspasel2及caspaSe9的上游,其表达变化也早于caspasel2和caspase9的激活【42。。CHOP表达升高是ER应激的标志。结合前期实验结果与文献资料,我们把Ap25-35的作用时间点设定为4小时和24小时。在Ap25.35作用4小时后CHOP基因mRNA和蛋白表达量都大大增加,此时过表达细胞模型中CHOP基因mRNA水平和蛋白水平的表达量相对于过表达对照组和干扰组细胞模型明显减小。结合前期实验结果,推测20肛M的AB25-35作用293细胞4小时时,CHOP表达量达到高峰,并且过表达的TEB4截短体蛋白对CHOP的调解作用在此时尤其显著。TEB4截短体蛋白在此过程中也影响GRP78基因的表达。当ER应激发生后,TEB4截短体可能参与某一个或几个途径的蛋白降解,减缓了ER应激,使GRP78表达量上调幅度减小。当用A1325.35蛋白作用293细胞时,与TEB4具有相似环指结构的E3连接酶Parkin,其过表达基因对ER应激时GRP78基因的上调也有缓解作用146]。综合上述结果,TEB4截短体蛋白对衣霉素和A艮5.35引起的细胞损伤可能具有保护作用,TEB4截短体蛋白可能通过缓解细胞ER应激而进一步发挥保护作用的,TEB4截短体蛋白影响了内质网应激相关基因GRP78、GRP94和CHOP的表达,缓解了内质网应激的压力。但其具体参与的途径还有待进一步研究。鱼藤酮可诱导多巴胺神经元细胞内泛素化a-synuclein聚集,继而引起细胞死亡,选择性损伤多巴胺神经元p51。细胞内异常蛋白的处理、降解过程在一定程度上依赖于泛素.蛋白酶体系统和分子伴侣参与。它可选择性抑制细胞内线粒体复合酶I,线粒体功能障碍无疑造成生物能量不足,使UPS不能正常降解a.synuclein蛋白进而导致细胞内这种异常蛋白的逐渐聚集。研究证实无论是在大鼠体内还是在体外神经细胞内,鱼藤酮抑制复合物均可导致蛋白质羰基含量增加,而羰基是氧化应激的标志之一[361。鱼藤酮作为呼吸链抑制剂,已广泛用于建立细胞损伤模型。鱼藤酮诱导的内质网应激中,CHOP、GRP94和GRP78基因无论mRNA水平和蛋白水平的表达量均为12小时高于24小时。仅24小时后过表达组细胞模39第5章讨论型中CHOP和GRP78基因的mRNA表达量明显低于干扰组细胞模型的表达量,CHOP和GRP78基因各组问的蛋白水平表达量以及GRP94基因各组间的mRNA水平和蛋白水平的表达均未受该毒素的影响。本实验中,鱼藤酮作用下的ER应激相关因子的表达差异不显著,可能鱼藤酮作用剂量和浓度略有偏差,没有成功诱导出应激模型,我们期望下次的实验中继续摸索。由上述ER应激结果推测,TEB4截短体基因可能具有多巴胺能神经元的保护作用,而且TEB4在PD同一脑区的差异表达可能与路易小体的形成有关。路易小体,作为PD诊断的金标准之一,由异常磷酸化、泛素化蛋白聚集而形成,与ER应激相关。TEB4截短体在多巴胺能神经元的高表达推测可能拮抗缓冲ER应激,促进异常蛋白的加工,从而抑制路易小体的形成。TEB4截短体在脑中发挥神经保护功能的具体作用机制,还有待进一步研究。接下来,本课题还有很多工作要做,对于TEB4的研究还在继续,本试验为进一步研究TEB4的功能打下了良好的基础。⑨第二部分载体构建摘要摘要目的:分别构建ATP合酶FO亚基C6亚单位(ATPsynthaseF0subunit6,ATP.C6)及人膜相关蛋白TEB4截短体基因C末端大片段(TEB4-C)的重组载体。方法:PCR法扩增TEB4一C,经纯化、双酶切后克隆入pEGFP-N2载体,构建重组质粒pEGFP.TEB4.C,酶切和测序进行鉴定;同样,ATP.C6克隆入pCMV.HA载体,构建pCMV.HA.ATP.C6的重组质粒,酶切和测序进行鉴定。结果:双酶切重组质粒获得特定的酶切图谱,证实所合成核酸片段的正确重组:测序结果显示重组核酸片段序列与设计的序列完全相同。结论:成功构建了人膜相关蛋白TEB4截短体基因大片段重组质粒pEGFP—TEB4.C和ATP合酶FO亚基C6亚单位的重组质粒pCMV.HA.ATP.C6,为下一步TEB4功能域的研究打下基础。关键词:TEB4,ATP合酶,载体构建41ABSTRACTABSTRACTobjectiveToconstructarecombinantvectorwiththeATPsymhaSeFOsubunitconstruct6(ATP-C6)andfragment(TEB4-C).MethodsHumananotherrecombinantvectorwithTEB4largeTEB4-CwasamplifiedbyPCRmethodandclonedintothevectorpEGFP-N2,resultinginpEGFP-TEB4一C;嘶tllthesamemethod,ATP—C6WasclonedintothevectorpCMV-HA.ResultsSpecificrestrictionenzymemapwasobtainedfromdoubleenzymedigestion,verifiedcorrectnessoftherecombinationofsynthesizednucleatefragment;sequencingshowedidentitybetweentherecombinantnucleatefragmentandthedesignedsequence.111erecombinationofpEGFP-TEB4-Cwereconstructedsuccessfully.Conclusion111erecombinantplasmidspEGFP-TEB4一Cweresuccessfullyconstructed;thisresearchisfounctionofTEB4.aandpCMV-HA-ATP-C6andpCMV-HA—ATP—C6foundationforthestudyontheKeyWords:TEB4,ATP,vector42第1章材料第1章材料1.1质粒pCMV.HA为本实验室保存pEGFP-N2为本实验室保存1.2主要仪器及物品超净工作台:吴江市江南净化工程有限公司高速冷冻离心机:Biofuge15R,HemcussepatchSpeedVacRPlusSCllO,savant紫外投射仪:上海长明光学电子仪器厂凝胶成像系统:UVPPCR仪:PERKINELMER,Bio.Rad公司电子天平:DeltaRange水浴箱:PharmaciaBiotech紫外分光光度计:DUR640Spectrophotometer,becman电泳仪:江苏兴化市分析仪器厂1.3主要试剂及试剂盒M.MLV逆转录酶:Promega公司T4DNALigase:TaKaRa公司限制性内切酶:TaKaRa公司DNA凝胶回收试剂盒:Qiagen公司质粒小量抽提试剂盒:上海博光生物公司Taq酶、dNTP、RNA酶抑制剂、LoadingBuffer:TaKaRa公司普通PCR所用引物由上海Ivitrogen公司合成43第2章方法第2章方2.1引物设计法各段引物的设计依据GENEBANK上检索到的已知基因序列设计。ATP-C6基因cDNA全长5’引物和全长3’引物序列分别添加EcoR,和Xho,酶切位点;TEB4截短体基因片段5’引物和3’引物序列分别添加EcoR,和BamHI酶切位点。引物序列见表3.1。表3.1引物序列2.22.2.1ATP.C6的克隆PeR反应buffer5pl,dNTP反应体系为50山,取人脑eDNAl山为模板,10xPCR(2.5mM)2m,引物混合物(101xM)2山,Taq酶0.51xl,最后加水至总体积50m。循环程序为:94。C预变性5分钟,98。C变性10秒,55"C退火15秒,72。C延伸2分钟,反应30个循环。取PCR产物5山于1%琼脂糖凝胶检测。2.2.2POR产物纯化PCR产物用DNAgelextraction试剂盒割胶回收。操作步骤:将全部PCR产物电泳。电泳后在紫外灯将所需的片段割胶置于1.5ml的离心管中。将割下来的胶称重。加入BufferQG于50"C融胶lO分钟。加入的BufferQG的量根据胶的重量而定,一般为胶的重量的3倍(如胶的重量为100mg,则加入的BufferQG的量为30091)。融胶后按胶的重量l:l加入异丙醇(如胶的重量为100mg,则加入的异丙醇的量为100l_t1)。将溶液上柱后离心,130009离心1分钟。弃流出液。再加BufferQGO.5ml洗涤层析柱。130009离心1分钟。弃流出液。加BufferPE0.75ml洗涤层析柱。130009离心1分钟。弃流出液。空柱130009离心1分钟。换收集管。30I-tlddn20上柱洗脱。洗脱样品即第2章方法为纯化的PCR产物。2.2.3酶切及其纯化用EcoR1和XhoI双酶切纯化的PCR产物和pCMV-HA载体。酶切反应体系:质粒30I.tl,10xBufferH4pl,EcoR,2“l,Xho12I-tl,加ddH20至40pl。37"C,酶切4小时。将ATP.C6的PCR酶切产物和pCMV-HA载体的酶切产物用l%琼脂糖凝胶电泳。割胶回收各自所需片段。操作步骤同3.1.3。2.2.4连接反应将上述两个割胶回收的产物混合,真空干燥至5m,加入T4连接酶1山,T4连接酶bufferlpI,最后加ddH20至总体积10pl。16"C,连接过夜。2.2.5感受态细胞的制备(Inoue法)2.2.5.1准备Inouo转化缓冲液2.2.5.1.1配制0.5mol/1的PIPES(pH6.7)将15.19PIPES【哌嗪一N,N’一双(2一乙磺酸)】溶于80mlddH20中(Milli—Q级,或与之相当级别的),用5mol/1KOH调pH值至6.7,最后加ddH20,定容至100ml。用0.20pm孔径的滤膜过滤除菌。分成小份于--20℃保存。2.2.5.1.2配制Inoue转化缓冲液将表3.2中组分分溶于800mlddH20中,然后加入20ml0.5mol/l的PIPES(pH6.7),定容至1L。用0.22}un孔径的滤膜过滤除菌。分装成小份,于一20℃保存。表3.2lnoue转化缓冲液的配方2.2.5.2制备感受态细胞挑取一个经37。C培养16"--20小时平皿上的DH50单菌落(2一--3mm直径),接种至25mlSOB培养液中,37"C摇床(250--一300r/min)培养6~8小时。晚上约6点钟,将上述初始培养物接种于三个250mlSOB培养液中,第一个加10ml,45第2章方法第二个加4ml,第三个加2ml,于18"-22"C中速摇床过夜。次日早上,测量三瓶培养物的OD600值,每45分钟测定一次。当有一瓶的培养物OD600=0.55时,将该瓶培养物置于冰上10分钟,弃去另两瓶培养物。于4。C以25009离心10分钟收集细菌。倒去上清培养液,将离心管倒扣在吸水纸上2分钟以吸干剩余液体。加80ml预冷的Inoue转化缓冲液重悬细菌沉淀。于4。C以25009离心10分钟收集细菌。倒去上清培养液,将离心管倒扣在吸水纸上2分钟以吸干剩余液体。用20ml预冷的Inoue转化缓冲液轻轻重悬沉淀。加1.5mlDMSO。轻轻混匀细菌悬液,放置冰上10分钟。迅速将悬液分装到遇冷的无菌1.5ml离心管中,没入液氮中快速冰冻感受态细胞。贮存于.70℃备用。2.2.6重组质粒的转化与筛选取DH50感受态细胞50m,加入连接反应液50a,轻轻摇匀,冰浴30分钟,42℃热休克90秒,迅速置于冰上2分钟,加入SOC培养基4009l,37℃温和振摇45分钟。用无菌涂布棒分别将2001d、501d转化的菌液涂布在LB平板(含有101土g/ml氨苄青霉素)。37℃平放20分钟,然后倒置培养12"16小时后,置于4。C使其显色完全。2.2.7质粒的抽提从过夜的转化培养平板上挑取单菌落接种于含101.Lg/ml氨苄青霉素的5mlLB液体培养基中,37℃摇床(150r/rain)振摇12"--16小时。质粒抽提按上海博光生物技术有限公司质粒小抽试剂盒操作流程进行。操作步骤如下:将5ml过夜培养物3000rpm离心,使细菌沉淀,弃上清。用250斗1溶液I充分重悬细菌沉淀并转移到1.5ml离心管,重悬后应无可视沉淀。加入2501-t1溶液II,立即轻轻颠倒4~6次,至溶液澄清。加入350p1溶液III,立即轻轻颠倒4"-6次,有絮状沉淀出现。冰浴10分钟。13000rpm离心10分钟,将离心后得到的上清转移到吸附柱中,离心1分钟,弃收集管中的液体。用500p1BufferSB洗涤吸附柱,13000rpm离心1分钟,弃收集管中的液体。用500山溶液Ⅳ洗涤吸附柱,13000rpm离心1分钟,弃收集管中的液体。再重复一次。继续离心1分钟以除去残余的溶液Ⅳ。将吸附柱转到1.5ml离心管中,加入401dddH20洗脱DNA,放置1分钟,13000rpm离心1分钟,收集洗脱液,-20℃保存。2.2.8酶切鉴定重组质粒‘利用EcoRI和XhoI酶切检测重组质粒。酶切反应体系:重组质粒49l,10xBufferHlid,EcoR/和Xho,各0.5Ial,加水至101且l。第2章方法37℃酶切4小时。l%琼脂糖凝胶电泳检测重组质粒插入片段大小。由上海生工科技有限公司测序。测序所得的序列与Genbank的已知核苷酸序列进行同源性比较。2.3TEB4截短体基因大片段的克隆按照上述基因克隆的方法将TEB4截短体基因大片段TEB4一C克隆到真核表达载体EGFP-N2上。47第3章结果第3章结果31ATP-C6和TEB4-C基因的PCR扩增结果ATP-C6基因扩增产物在琼脂塘凝胶681bp^希显示为l条带,与ATP-C6基因预计大小一致(图3I,A);TEB4一C基因扩增产物在琼脂塘凝胶1206bp左右显示为l条带,与TEB4一C基因预计大小一致(图3l,B)。212200010G0500250100A图3IATP-c6和TEB4-C基因的PcR扩增结果A:1:DNAMarkerB:l:DNAMarkerB2:ATP-C6基因2:TE94-C基因32酶切鉴定口翎v_’l^_^TP-c6和pEGFP-TEB4-C重组载体p卅H^_^TP—∞经删和Xoh,双酶切鉴定,琼脂糖电泳上可见在680bp左右有一条带(图3.2,A),结果与预期相符,表明ATP-C6已成功克隆入载体;pEC4=P-TEB4-c经&胡,和矗捌y,双酶切,琼脂糖电泳上可见在]200bp左右有一条带(图3.2,B),结果与预期相符·表明片段己成功克隆入载体。第3章结果1221一;l鎏m一二二一勰器椭A图3.2酶切鉴定重组质粒DcMV-HA-ATP-C6和pEGFP-TEB4-CA:1:DNAMarker2:酶切pCMV-HA-ATP,-C6重组质粒B:hDNAMarker2:酶切pEGFP-TEB4-C重组质粒33基因克隆的测序结果将经酶切鉴定有插入片段的质粒送到上海生工生物公司测序。测序结果见附录2。结论结论结论通过本研究得出以下结论:1.在衣霉素和A1325-35蛋白诱导的内质网应激中,RT-PCR、WesternBlot检测发现TEB4截短体基因影响内质网应激相关因子CHOP、GRP94和GRP78的表达。2.成功构建了pEGFP—TEB4.C表达载体,为下面的功能域研究做好准备。3.成功构建了pCMV-HA.ATP.C6载体,为下一步实验奠定基础。致谢致谢三年的研究生生涯即将结束,在此期间导师的谆谆教悔,领导的深切关怀,同事的鼓励支持,同学的精诚合作和无私帮助伴随我度过这段难忘的时光。在此论文顺利完成之际,谨向以下每一位支持帮助过我的人表示衷心的感谢。首先特别感谢我的导师李学礼副教授,在三年的求学生涯中,导师的悉心教诲使我各方面得到很大的提高,她高尚的品德、渊博的学识、严谨的作风以及丰富的科研经验值得我终身学习。再次感谢我的老师徐磊副教授,他视野开阔,治学严谨,平易近人,每当我在实验中遇到挫折向他求教时他总是能把帮我把难题化解,提出解决问题的好建议。还要感谢吕立夏副教授,她思维敏捷,思路清晰,和蔼可亲,手把手的传授实验技术,耐心的讲解实验理论使我顺利的进入分子生物学领域,她一直是我学习的榜样。另外衷心的感谢以下各位领导、老师、同学:同济大学医学院生化教研室:沈耀新,贾松,李姣,李静琪,杨翠香。同济大学医学院预防医学教研室:厉曙光教授,余金明教授,蔡智鸣副教授,张志强。分子遗传学实验平台:张军副教授,石红军。肿瘤实验平台:杨耀琴教授,陶惠红。免疫实验平台:陈小平教授,戴亚蕾教授。同济大学医学院研究生:刘立,张红娟,彭建,赵佳,张晶,乔永霞,王佳怡,李学晋,徐婷,郑永华,祁晨光,翟伟,王先辉,窦帮,成燕,程毛等。我的这篇论文是在大家的共同协作努力下完成的。最后衷心祝福所有的老师、同学、亲人和朋友们!参考文献参考文献FangS.andWeissmann,A.M.Ubiquitin—proteasomesystemAfieldguidetoubiquitylation.CellM01.LifeSci.61,1546—1561;2004.Swanson,R.,Locher,M.andHochstrasser,M.Aconservedubiquitinligaseofthenuclearenvelope/endoplasmicreticulumthatfunctionsinbothER-associatedandMatalpha2repressordegradation.(2001)GenesDev.15,2660—2674.Yuzurulmai,M撕k0Soda,andRyosukeTakahashi.Parkinsupressesunfoldedproteinstress-inducedcelldeaththroughitsE3ubiquitin-proteinligaseactivity.JBiolChem.Nov17;275(46):35661-4;2000.aHassink,GKikkert,M,VanVoorden.S,eta1.TEB4isubiquitinligaseoftheendoplasmicC4HC3RINGfinger-containingreticulum.(2005)Biochem.J.388.647-655.T,TsujiaTakahashiH,OhamaE,SuzukiS,HorikawaY,IshikawaA,ModtaS,IkutaF.F锄ilialjuvenileKitadaparkinsonism:Clinicalandpathologicstudyinfamily.Neurology44:437-441;1994.T,AsakawaS,HattoriN,MatsumineH,YamamuracauseY,MinoshimaS,YokochiM,MizunoY,ShimizuN.Mutationsintheparkingeneparkinsonism.Nauture392:605—608;1998.autosomalrecessivejuvenileSciMoreaE,BorkP.Anovel24:229-231;1999.transactivationdomaininparkin.TrendsBiochemStefanG.Kreft,LinWang,&MarkHochstrasser.MembraneR.,DaiM.,AvnerR.,HassinkE.HumanHRDlistopologyoftheDoalOubiquitinKikkertligase.(2005)Biochem.J.6757-6765.Q,VanVoordenS.,ThanedarS.,M.,DoolmanJ.,ChauRoitelmanV,WiertzanE3ubiquitinligaseinvolvedindegradationofproteinsfromtheendoplasmicreticulum.J.Bi01.Chem.279:3525-3534;2004.10.VanderReijdenBA,Repelinck-VerschuerenCA,LowenbergB,JansenclassofproteinwithaJH.TRIADs:Anewnovelcysteine—richsignature.ProteinSci8:1557-1561;1999.11.Yuzurulmai.MarikoSoda,andRyosukeTakahashi.Parkinsupressesunfoldedproteinstress—inducedcelldeaththroughitsE3ubiquitin-proteinligaseactivity.JBiolChem.Nov12.13.17;275(46):35661-4;2000.a1.UrsodeoxycholieacidpreventscytochromeHersh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se.JChem46.Neuroanat28:67—78.AyakoYamamoto,AmoFriedlein,Yuzurulmal,ate1.ParkinPhosphorylationModulation47.ofItsE3UbiquitinLigaseActivity.(2005)Biochem.J.3390—3395.但美霞Niebu.A.猫叫综合征关键区域定位于5p15.2的D5S713-—D5s18区域【J】.中华医学遗传学杂志,1997,14(5):263.267MainardiEPerfumo,C,Cali,A,CoueourdeqPastoreGCavaniS,Zara,F.Overhauser’J,Pierluigi,M,Bricarelli,FD2001.Clinicalandmolecularcharacterizationof80patientswith5p48.deletion:Genotype-phenotypecorrelation.J.Med.Genet.38:151一l58.Niebuhr,Huanming49.Qingfawu,ErikYang,eta1.J.HumanGenetics(2005)13,475_485.附录附录1载体信息1.pCMv一姒载体信息棚■聪●雹●嘲W鲍eATB僦ccA硼雹盯G丌ecA器盯TAcG口m峨翻曩T8蠡宅eAT.GB叠塔GOC———历两广一1面汗可可1丽,矿—丽万一●槲曩●翻●曩●嬲-e鑫矗矗m。£GGTCG磊DC£囊6置汀en习CB履鑫甜—鱼C£BeGE∞蟊£55附录2.pEGFP—N2载体信息Ec00109,.38601(2,5&3j署必|:’镪篮g£绺搬鹏S耗鲫I丘A船-?!!哩.3.pSuper-EGFP载体信息Md235Ndc(2673)S/抽(2586)Sp/l(2514㈣_|妻篙。嚣黝猫鼬渤。附录附录2测序结果ATPsynthaseF0subunit6mRNAatgaacgaaaatccgccgcagtactgatcattcCaaCaaCCgactaatcaccaagCCataCaCaacactaaagtattgccacaactaacctccatCtataaaCctagccatggctctaagattCCCCataCtaacgcctaacccctagcaatatgttcgcttctatttcccccattcattgcctctattgatccccacaatcctaggcctacccccacctccaaatatctcatctaacctcaaaacaaatgatctagtatccttttacaccaataatcattttccacccaactcccaacaatgactaatcaaagacgaacctgtcggactcctCCatcccctttagcccacttatctcttatagcctcactcaatgagcgggccttaccacaacctactcattgCagtgattataggctttcgggcacacctacaaccaatagcacctaattgcaccccttatccctggccgtgaagcgccacttctaattctcacttctagtaaaaatgcccgttattatcgaaaccatcaggctaacattactgcaggccacctactcatgtcaaccattaaCCttCCCtCctagaaatcgctgtcgcctttacacttatcatcttcacaaaatccaagcctacgttttcaactgactatcaagcctctacctgcacgacaaCacataaHomosapiensTEB4proteinmRNActgcctaattttcttccatacaatgttgcttcaggtcatgctctacagtgatgctccagtgagtgaaacagggacagatacttgctcaaatcaacagagaaggcctagctttaccggtataacattggttaatgtcgtctctatgtagggaCgCagtgatagttgctggtcattgtaggactgggcctcagtggtgaCCttCaCtatgtgtgtacctgcaaaacttcaattttgtcactgtccctcgagctgcttcCaCgaagCagggatcttcattgtcttgccagcattactcgagcgtggactggaagaaaatcaacgctattgggagggccttctgttgattaccagtatttgtgaccgccggaaaacagtgcctgtggtgggttggttttcgtcttcatgtgctggccgtttggctgaaggggctggtgcgtcttatttattgggagaccactcgaaataatactccagcatcaggatattgccttactttaaatccatgactgtgacggtaagagtggtctccctctccttggatcagacaaatcattgcaggtttacgcctcccgtgatttgttcctttcatttttactagcgcctttaagttaacaataatcagcatgtcatgcagcccaccaagccaccgacctttaaattttccacactgattgccagcctcatctgttttggacggggactgccattgctggctaaccataagggagtgatcttccagaaggttaggtgctgttggctggagttgggctcccctgagggttccctacttggagtcgttgaaaacttattgttcgtctgcatgccagtaattgaacaaactggcaggctctacacagctgcttgtggatggtggCatggatgcctctctcatgatctctggggctctcctctttttagctataacaaaatggcatcctctgtgctgactaggtgttgatggtcgtgtgaacatattatgaagacttctgtttgagctatccatggcttgatgggtccggaacattgttgctttcccactgcggaoagtattgatggttatgtcatagcttctggtgagtccatcggcggatttatccttccaagtccgccagtttagggtcaacgactcgtgaacttccacagtcatcccaagaataaaaatgacaagtaccttgtcaaggctcatctCCaCCaCCacgaacggaaatctggcaaaaa58ATPsynthaseF0subunit6mRNAHomosapiensTEB4proteinmRNA:!!!:5i=m—m椭{蝻㈣澎渤㈣叭川4}附录附录3研究生期间的论文酵母E3连接酶DoalO的拓扑学结构及其作用底物姜璎慈综述李学礼审校(同济大学医学院生化教研室,上海200092)[中图分类号]Q753[文献标识码]A[文章编号]在真核细胞中,许多跨膜蛋白都是从胞质进入内质网(endoplasmicreticulum,ER)经加工或包装或分拣后再进入相关细胞器的。内质网主要通过泛素蛋白酶体途径(ubiquitin—proteasomepathway,UPP)来清除异常折叠或者错误折叠的蛋白n‘31,这就是所谓的ER相关降解(ER.associateddegradation,ERAD)。除此之外,该途径也参与内质网中正常蛋白的生理性降解,例如固醇生物合成中的限速酶;羟甲基谷胱甘肽辅酶A还原酶H1。有时也发挥毒性效应,例如:囊肿纤维化。该病主要是由基因突变引发的,囊肿纤维化调节蛋白的单个氨基酸丢失,引起ER相关蛋白急速降解喵1。泛素蛋白酶体(ubiquitin—proteasome,UPS)与底物结合,在26S蛋白酶体作用下从ER膜/腔进入到胞液呻1。底物的泛素化通常需要蛋白酶高效的运输和降解。泛素化包括泛素与底物蛋白的结合,这要通过一系列的酶促级联反应完成:泛素激活酶(E1)——由ATP提供能量使泛素活化、泛素结合酶(E2s)——结合并携带被活化的泛素、泛素连接酶(E3s)——将活化的泛素从E2转移到需降解的特异底物蛋白上,以便送入26S蛋白酶体。E3分为三种类型,即含HECT结构域的E3s、含环指结构域的E3s和含U-box结构域的E3s,它们对底物的特异识别,呈现蛋白酶体降解的高度选择性。Doal0是新发现的啤酒酵母中定位于内质网上的重要的E3连接酶,具有14个跨膜结构域和一个环指结构(属于上文提到的含环指结构域的E3s),在许多真核生物ER应激和ERAD中发挥作用n引。本文就DoalO的环指结构、在内质网膜上的拓扑布局以及DoalO酶作用底物作一简短综述。1.酵母DoalO的拓扑学结构1.1OoalO的拓扑布局研究者利用标准跨膜结构预测工具和DoalO密切相关种属蛋白的氨基酸序列,对DoalOE3连接酶的复杂拓扑结构进行详细的预测。DoalO蛋白,151kDa,含有14个跨膜螺旋结构,其序列的大部分(约63%)都朝向内质网膜的胞浆侧,包括N末端和C末端,只有约14%朝向内质网腔n3。胞浆侧的各个回路长度约2l~250个残基,而内质网腔一侧的相对较短,大约3---48个。由此推测DoalO蛋白与其他蛋白发生关联的部位很可能是内质网膜的胞质体侧。这些大面积的跨膜域可能是DoalOE3酶底物从内质网转移到细胞浆中的通道。1.2DoalO的ww-motif结构DoalO蛋白的第775至第807残基序列与“删~motif"结构基本一致。经典收稿日期:2008—12—12作者简介:姜璎慈(1981-),女,硕士研究生.E-mail:jiangyingci66690yahoo.cn附录的ww咖otif具有三个标准的B一折叠,可与含有“PPxY"结构的蛋白识别进而结合吲。与DoalO协同作用的E2—Ubc6,就含有“PPxY”片段。然而,DoalO的拓扑图显示,其775-807处是跨膜螺旋的一部分,因此,除非DoalO该片段具有高度能动性,可以从膜中移动出来,否则很难形成WW—B一折叠。1.3DoalO与TEB4编码DoalO的同源序列在几乎所有的真核基因组中都有表达,这些同源序列包括人膜蛋白TEB4(也叫做MARCH-VI)n5l。DoalO与TEB4的N末端,都有一个环指结构域称为RING—CHn71,由两个锌离子与八个氨基酸螯合而成,其第四位是半胱氨酸,第五位是组氨酸。这个保守的RING-CH是RING-型E3的一个亚型,许多病毒蛋白和至少11种人蛋白属于这一亚型。DoalO蛋白的第628至757氨基酸残基处的序列和TEB4极其相似,这一区域称为TEB4一DoalO(TD)域u射。高度同源的TD域包含三个跨膜域,其中同源性最高的区域在朝向胞浆侧。TD域只存在于DoalO同源的蛋白中。除了序列上的不同,DoalO与TEB4的拓扑结构非常相似,这说明酵母和人蛋白有作用上的保守性。2.DoalO的膜和可溶性底物2.1DoalO的E3连接酶活性泛素聚合体与底物结合,在26S蛋白酶体的作用下使底物降解。底物中的降解信号/降解决定子可被E3或E3一E2复合物识别,这些降解信号/决定子在底物间的变化很大,仅仅一部分被标识。啤酒酵母转录因子Mat2是一种核蛋白,Q可以被泛素蛋白酶体系统降解。MatQ2的降解有两条途径:一条依赖于E2s中的Ubc4和Ubc5,另一途径利用内质网上的E2s,即Ubc6和Ubc7以及内质网/核膜的DoalO哺1。后一途径可识别现已明确的降解决定子:Degl。DoalO的E3连接酶作用就是在可溶性Mat2转录因子的降解过程中首先被发现的n¨。Q到目前为止,已知的啤酒酵母中定位于ER上的两个E3连接酶是Hrdl/Der3瞪’101和DoalO。它们都是跨膜蛋白,并且都具有RING-CH型环指结构,属于E3s环指家族成员n2l。DoalO的ER相关底物,比如ATP结合盒子转运体Ste6(ATP-bindingcassettetransporterSte6)的突变形式,膜}r—ATPase的Pmal突变体,直接证明了DoalO与ERAD途径的关系。DoalO的缺失导致内质网未折叠蛋白堆积引起轻微的应激反应,若同时缺失OoalO和Hrdl,应激反应将会进一步恶化。这些都提示,DoalO是酵母ER应激和降解途径中的重要成分。2.2DoalO途径见于膜蛋白和可溶性蛋白一直以来,DoalO都被看做是ER胞质一侧的降解决定性物质,Hrdl则是对腔内一些特有结构的蛋白起识别作用。随着研究深入,对Hrdl和DoalO的认识也得到提升,它们的作用底物有些在膜的同一侧,有的在膜的不同区域。现已证实DoalO催化膜蛋白及可溶性蛋白的泛素化,只是在泛素化后,进入蛋白酶体的靶向机制不尽相同。并且DoalO与底物识别结合需要泛素结合酶UBC6,UBC7,以及UBC7的辅助因子Cuel,表现ER-E3酶活性。2.3新发现的Doal0膜和可溶性底物NdclO-2肌动蛋白是DoalO途径的一个可溶性底物NdclO是着丝粒DNA—CBF3复合物的一个亚基,与核内有丝分裂纺锤体微管相关联u叭。NdclO-2突变体对温度极其敏感,但是在缺少Ubc6/Ubc7时敏感性受2.3.1.到抑制口1。这可能反映了Ndcl0-2蛋白的代谢稳定性。实验证明,DoalO缺失时,NdclO一2突变体对温度的敏感性也受到抑制,并且与NdclO一2突变体的降解有关。61附录在Doal0缺失时,Ndcl0-2突变体的降解大大减弱。Doal0参与Ndcl0—2突变体的降解过程。2.3.2Ndcl0-2抑制因子的突变产物Kopski和Huffakez.【71在1997年发现四种Ndcl0-2抑制因子复合物。其中的两种Kisl和Kis2,它们的突变产物分别被Ubc7和Ubc6结合,另外两种Kis3和Kis4,还不明确它们的突变体可被哪种泛素蛋白酶体识别。已知Degl是Doal0途径中的降解决定子,在转入Kis3突变体Kis一66的细胞中,Degl迅速降解,并且Doal0途径相关蛋白在Degl降解过程中大量消耗…1。由此推测Kis3—66突变体通过Doal0途径进行降解。2.3.3Mps2—1突变体与Doal0poleDoal0的一个膜底物是Mps2—1突变体,Mps2是一个单通道膜蛋白,它协助纺锤体(spindlebody,SPB)链接到核膜。对热敏感的Mps2-1突变体是个短暂性蛋白,当处于高温状态,Mps2-1就从SPB上消失了¨刳。实验数据显示,37‘C条件下,过表达Mps2-1的细胞在缺失Cuel、Ubc6、Ubc7的状态下生长受到抑制,并且Mps2-1从SPB上消失的速度以及降解速度也大大减弱。这些现象在缺失DoalO的Mps2一l过表达细胞中同样得到证实。由此提示,Mps2—1同样通过Doal0途径进行降解。2.4Cdc48参与Doal0膜底物降解Doal0可催化膜蛋白及可溶性蛋白的泛素化,Cdc48ATPase促进Doal0膜底物蛋白的降解,比如Doal0膜底物Degl的降解。在Doal0途径中,Cdc48并不是作为一个常规的蛋白酶接头来衔接底物和蛋白酶体或者将底物带进蛋白酶体,而很可能是协助底物从膜中转移。3.总结E3连接酶是泛素化过程中最重要的酶,它通过调控蛋白的泛素化过程参与细胞内的多种生理过程。E3连接酶对靶蛋白的特异性识别决定了泛素化的特异性。酵母一直是研究E3连接酶的重要载体,酵母Doal0是广泛的看家基因,可与多种蛋白特异性识别作用,Doal0泛素E3连接酶在绝大多数真核生物ER应激和降解途径中都发挥重要的作用。Doal0对底物识别结合的具体作用机制有待进一步研究。[参考文献][1]StefanGKreft,LinWang,eta1.MembranetopologyBioehem,2006,28oftheDoalOubiquitinligase.阴1(8):4646-4653.SK,GoradiaA,el:a1.HRD4/NPL4isrequiredfortheproteasomal【2】BaysNW,Wilhovsky【3】BordalloJ,PlemperprocessingofubiquitinatedERproteins.[J]MolBiolCell,2001,12:411“128.RK,FingerA,eta1.Der3p/Hrdlpisrequiredforendoplasmicreticulum—associateddegradationofmisfoldedlumenalandintegralmembraneCell,1998,9:209-222.proteins.【J】MolBioi【4】WhimeyA,NewHaven.MembraneandsolublesubstratesoftheDoal0ubiquitindegradedbydistinctpathways.【J】TheEMBOJoumal,2006,25:533-543.ligase眦【5】BoteroD,GerebenB,GonealvesC,eta1.Ubc6pandUbe7parerequiredfornormalandsubstrate··inducedendoplasmicreticulum··associateddegradationofthehumanselenoproteintype2iodothyroninemonodeiodinase.【J】MolM.AEndoerinol,2002,16:1999-2007.【6】SwansonKLochcrM,Hoehstrasserconservedubiquitinligaseofthenuclearenvelop-e/endoplasmicretieulumthatfunctionsinbothER··associatedandMatalph·.a2repressordegrade附录·ation.【J]GenesDev,2001,15:2660’2674.TC.Suppressorsofthendcl0—2mutation:arolefortheubiquitinsystem【7】KopskiKM,Huffaker【8】HuyerinSaccharomycescerevisiaekinetoehoreG,Piluekfunction.【J]Genetics,1997,147:409--420.WF,FanslerZ,eta1.DistinctmachineryisrequiredinSaccharomycescerevisiaefortheendop-lasmicreticulum—associateddegradationofamultispanningmembraneproteinandasolubleluminalprotein.【J】BioIChem,2004,279:3836%8378.all【9】DengM,HochstrasserM.Spatiallyligase.【J】JNature.2006Oct1regulatedubiquitinligationbyER/nuclearmembrane9;443(7113):827-31.andregulationofsterolbiosynthesisintheyeastSaccharomyces【10】LoertscherJ,LarsonLL,MatsonCl(,eta1.Endoplasmicreticulum.associateddegradationisrequiredforcoldadaptationcerevisiae.【J】EukaryotCell,2006Apr;5(4):712-722.chaperoneShr3assistsinfoldingaminoacid【11】KotaJ,GilstringCF,LjungdahlPO.MembranepermeasespreventingprecociousERAD.【J】CellBioi.2007Feb26;176(5):617.628.【12]McBrameyS,WineyM.Mutantmembraneproteinofthebuddingyeastspindlepolebodytargetedtotheendoplasmicreticulumdegradationispathway.【J]Genetics,2002,162:567-578.20:73—84.[13]RichlytoH,RapeM,BraunS,eta1.AseriesofubiquitinbindingfactorsconnectsCDC48/p97substratemultiubiquitylationandproteasomaltargeting.【J】Cell,2005,1【14]SchuberthC,BuchbergerA.Membrane—boundUbx2recruitsCde48toubiquitiniigasesandensuretheirsubstratestol7:99参一1006.efficientER-associatedproteindegradation.【J】NatCellBio,2005,[15]ScottDC,SchekmanR.RoleofSec61pintheBi01.2008;18ER—associated105.degradationofshort-livedtransmembraneproteins.[J】Cellprotein1(7):1095-l【16]VarshavskyA.Regulated【17]VashistERqualitydegradation.【J】TrendsBioehemSci,2005,30:283-286.sequentialcheckpointmechanismofS,NgT’eta1.Misfoidedproteins玳sortedbyacontr01.【J】CellBiol,2004,165:41-52.K3family【18]LehnerPJ,HoerS,DoddReta1.DownregulationofcellsurfacereceptorsbytheofviralandcellularubiquitinE3ligases.【J】ImmunolReview,2005,207:112.125.附录实时荧光定量PCR检测大鼠各组织中TEB4基因及其截短体的表达张红娟,李学礼,姜璎慈(同济大学基础医学院生物化学与分子生物学实验室.上海200092)【摘要】目的通过实时荧光定量PCR技术检测TEB4基因及其截短体在内脏组织和脑组织中的表达差异。方法提取SD火鼠内脏组织(,心、肝)和脑组织(火脑、小脑、海马)中的RNA.在TEB4基因内,分别设计不包含截短体和包含截短体序列的两对引物,Rl和R2。采用相对定量法进行实时荧光定量PCR,检测大鼠各组织中TEB4基因及其截短体的表达。结果TEB4及其截短体的mRNA丰度在肝脏组织中最高,在其他组织中表达量均较低。截短体的表达量在这些组织中均远高于TEB4。讨论证实了TEB4的截短体独立于TEB4而单独存在,TEB4与其截短体在脑组织中并朱特异表达,它们都具有,“泛的看家功能。【关键词】TEB4基因;截短体;实时荧光定量PERAnalysisofexpressionofTEB4anditsclippinginratestissuesByusingReal—timequantitativePCRmethodZHANGHong-JnanLIXue-liJIANGYing-eiofmedicine,TongJiUniversity,(LaboratoryofBiochemistryShanghai,200092,China)andMolecularBiology,College[Abstract]ObjectiveToanalyzethedifferentexpressionofTEB4anditsclippinginratter’Sorgansandbraintissues.MethodsTheRNAwasobtainedfromSDRatter’Sorganstissues(1iver、heart)andwhichistissues(cerebella、cerebra、hippocampi).TodesigntwogroupsofprimersincludedTEB4andexcludeditsclippingandR2whichisbothincludedTEB4andanalyzetheexpressionofTEB4brainR1itsclipping.Real-timePCRWasusedtotissues.ResultsTheanditsclippinginthesehighestmRNAlevelsofTEB4anditschippingwerepresentinliver.neyhigherthanexpressedthesamelowleversinothertissueswhilethechippingexpressedmuchTEB4inallthesetissues.ConclusionThechippinghasbeenidentifiedTEB4genes·besidesTEB4itself.Bothanditsclippinghavenospecialexpressioninbraintissues.Andtheybothactasfamily[KeyWords]TEB4gene;clipping;Real-timeQuantitativePCR人类TEB4基因定位于染色体5p15.2处,编码910个氨基酸,是~个新的定位于内质网的含有C4HC3环指的泛素E3连接酶。TEB4在许多器官表达,如心、脑、胎盘、肺、骨骼肌、肾、胰、脾、胸腺、前列腺、睾丸、卵巢和小肠…,在细胞中参与广泛的看家功能。本实验室老师利用指纹图谱技术,对帕金森病患者的黑质区Lewy小体特异表达基因进行筛选,发现了TEB4的截短体旧1。许多具有环指结构的E3连接酶也都是控制着神经退行性疾病和大脑发育的相关蛋白¨1。大鼠的TEB4基因与人类的TEB4基因具有高度的同源性(88%),且存在相似附录的截短体。本研究分别提取大鼠的内脏组织(肝、心)和脑组织(大脑、小脑、海马),通过实时荧光定量PCR技术检测TEB4基因及其截短体在这些组织中的表达差异,从而推断它们功能上的差异。1材料与方法1.1大鼠组织的提取及RNA的分离清洁型成年SD(Sprague.Dawley)大鼠3只,3月龄,体重250克左右,购自复旦大学实验动物中心。采用3%戊巴比妥钠腹腔注射(O.1mFlOOg)麻醉,无菌条件下行上腹部正中切口,分别取其心、肝、大脑、小脑和脑皮质海马组织。用Trizol提取其总RNA,紫外分光光度法测定RNA含量与纯度,琼脂糖凝胶电泳检测其完整性。不同组织的5管RNA分别定量31.tg,并进行无RNA酶的DNaseI处理,作为逆转录的模板。1.2cDNA的获得和引物设计逆转录采用251上1的反应体系,反应管中加入31xgRNA,5xfirst-strandBuffer5此,终浓度为lmmol/L的dNTP411L,Oligo(dT)0.5ug/ulllxL,M.MLV逆转录酶llxL(120U)(Promega公司)。按以下步骤操作:65℃5min,40℃60min.70℃15min。如上述,根据TEB4基因及其截短体的分布,分别设计引物R1(包含在TEB4以内而在截短体以外的基因段),R2(同时包含在TEB4和截短体内的基因段)。R1上游引物为5’CTCTTGATCAGACTCCCC册CTAC3’,下游引物为3’,下游引物为5’GCCACTGCCGCATCCTCTT3’,AGATGCGGCATGCTGT从GA3’,扩增片段135bp。内参13一actin上游引物为5’GGCATCGGAACCGCTCA5’GGTCGATGTTACGAATGCC甜rT3’,扩增片段155bp。R2上游引物为5’CCTTCACGGCTACC丸盯CCA下游引为5’3’,物扩增片段91bp。所有引物由上海生工公司合成。1.3实时荧光定量PCR1.3.1制作标准曲线和结果计算5此,行10倍梯度稀释4次(1,1:l,1:100,l:1000和l:lO000),每个浓度各取2此DNA作实时荧光定量PCR分别扩增TEB4和13-aetin取心脏组织的eDNA基因,每个浓度作2个复孔。在扩增过程中,FTC2000荧光定量分析仪自动读出Ct值,并以模板浓度的对数为横坐标,Ct值为纵坐标,绘制出标准曲线。利用待测样本的Ct值(两个复管的平均值)求出相应的基因拷贝数,以待测基因的拷贝数与内参GAPDH的拷贝数的比值作为检测结果。1.3.2大鼠各组织的实时荧光定量PcR3只大鼠的5个组织(心、肝、大脑、小脑、海马),分别由3种引物(R1、R2、13-Actin)进行PCR,每个浓度作2个复孔。PCR反应为两步法,试剂采用大连宝生物工程有限公司的SYBRPremixExTaql’。其中eDNA21.tL(10倍稀释样),引物lI.tL(终浓度0.2州),2×SYBRHS,dNTPs,M92+,SYBRTaq瑾10此(内含TaKaRaExTaqGreenI等),反应体系共20此。按下列条件扩增:95"1210PremixEx秒预变性,然后95℃5秒,60℃30秒,共40个循环。2结果2.1大鼠引物和13-actin的扩增效率以起始拷贝数的自然对数为横坐标,以循环阈值为纵坐标,每次实验均可得到一条严格的直线型标准曲线,这证实了用Ct值进行定量的准确性。由标准曲线的斜率确定R1、R2和D.actin的扩增效率基本一致。65附录2.2TEB4及其截短体在各组织中表达量比较分析TEB4及其截短体在内脏组织(心、肝)和脑组织(大脑、小脑、海马)中的表达,结果显示在肝脏中高表达,差异极显著(P<o.01),在心、大脑、小脑和海马组织中的表达量均较低,无显著差异(图2)。35∞25譬zo磐15塘105OORI:y=-3.3412x+35.225R2:0.9947-R2:y=-3.2806x+30.133Rh0.9928Al昏-Actin:y=-3.2304x+24.812Rh0.9804图1R1、R2和B-Actifl的标准曲线FiglthestandardcurveofR1、R2andpActinf·翻葫而●●心图2R1与R2表达量的比值图3Fi92theexpressingratioAnd工■●嫡工●■憎●鸫TEB4截短体与TEM表达量的比值clippingandTEB4ofRl恤ActinFi93theexpressingratioofTEB4’SR2/p-Actin2.3同组织中TEB4和截短体的表达量比较结果显示,在肝组织中截短体的表达量高于TEB4约4倍,而在其他组织中都在截短体的表达量略高于TEB4(图3),差异极显著(P<o.01)。3讨论TEB4是一个新近发现的基因,其序列在人、鼠、线虫等许多物种中高度保守Ⅲ。本实验证实了TEB4及其截短体在大鼠体内的存在。大鼠TEB4表达1015个氨基酸,其截短体表达490个氨基酸,位于TEB4蛋白的N端(图3)。图2显示,TEB4的截短体独立于TEB4表达,分别行使不同的功能。TEB4j1■●■■■■■■■■■■■—■—■l截短体■■■—■—I1015从490从附录图4TEB4与其截短体的氨基酸序列关系Fi酣therelmionofaminoacidsequencesbetweenTEB4anditschippingTEB4定位于内质网上,包含一个环指结构和多个跨膜域。这个环指结构位于蛋白的N端,具有特殊的C4HC3结构,在C端包含13个跨膜域Ⅲ。TEB4的截短体位于C端,编码其广阔的跨膜域。在泛素结合酶参与的赖氨酸第48特异位点泛素反应中H1,分离的RING域在体外能催化泛素的连接。TEB4作为E3连接酶参与内质网相关蛋白的降解。肝脏在人体蛋白质的新陈代谢上占有重要位置,TEB4及其截短体在肝脏中的高表达可能与肝脏强大的解毒功能有关。TEB4的截短体是在筛选帕金森病患者的黑质区Lewy小体特异表达基因时发现的盟1。本实验结果表明在正常脑组织中,TEB4的截短体无特意表达,和TEB4一起行使广泛的看家功能。作为E3连接酶,TEB4与Parkin基因一样,属于一个保守的泛素样和环指结构的蛋白质家族,与E2偶联酶Ube6和Ubc7作用口],来抑制由于内质网上异常未折叠蛋白引起的细胞死亡。一些神经退行性疾病与泛素蛋白酶体相关蛋白的水解有关,包括内质网相关蛋白的降解口剖。本实验室利用酵母双杂交技术,找到一种与TEB4截短体作用的蛋白——^TP合酶F0部分的6亚基。有文献报道ATP合酶上的6亚基变异可引起神经紊乱口]。是否在大脑的神经病体组织,TEB4特异表达,表现出E3连接酶活性降解异常未折叠蛋白,还有待进一步的研究。【参考文献】【1]HASSINKGKIKKERTM,VANVOORDENS,etubiquitinligaseofthea1.TEB4isaC4HC3砌NGfinger-containingendoplasmicreticulum[J].Biochem,2005,of388(Pt2):647-655.【2]LUL,NEFFF'ALVAREZ-FISCHERD,etinParkinson’Sa1.GeneexpressionprofilingLewybody-bearingneuronsdisease[J].ExpSATOS,etNeurol,2005,195(1):27-39.【3]似yroruN,MACHIDAYa1.MolecularmechanismsofnigralneurodegenerationinParkandregulationofparkinproteinbyotherproteins.【门NeuralTransm.LifeSci,2004,Suppl,2006,(70):205-208.【4]FANGS,WEISSMAN61(13):1546-1561.【5]BenceNF’SampatRAM.Afieldguidetoubiquitylation.【J】.CellMolM,KopitoR.Impairmentoftheubiquitin-proteasomesystembyproteinaggregation[J].Science,2001,292:1552-1555.【6]KISHINOT'LALANDEM,WAGSTAFFJ.UBE3A/E6-APsyndrome【J】.Nat.Genet,1997,15(1):70-73.【7]Cortes—HemandezP,Vazquez-MemijeME,GarciaJJ,eta1.ATP6homoplasmicmutationsinhibitanddestabilizethehumanFIF0-ATPsynthasewithoutpreventingenzymeassemblyandoligomerization.[J]BiolChem.2007,282:1051·8.mutationscauseAngelman67个人简历个人简历及在读期问发表的学术论文与研究成果个人简历:姜璎慈,女,1981年6月生。2005年6月毕业于齐齐哈尔医学院。2006年9月一至今,于同济大学攻读营养与食品卫生学硕士学位。已发表、定稿文章:1.姜璎慈,李学礼。酵母E3连接酶DoalO的拓扑学结构及其作用底物。同济大学学报。200930(6):5-8(见附录3)2.李姣,姜璎慈#,李学礼:I:,李静琪,吕立夏,徐磊。脑源性神经营养因子在体外诱导SH—SY5Y细胞分化过程中的作用。中国神经丙生研究(英文版)杂志。3.张红娟,李学礼,姜璎慈。实时荧光定量PCR检测大鼠各组织中TEB4基因及其截短体的表达。同济大学学报(见附录3)。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