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一种适于PCR和LAMP检测的松木中松材线虫DNA快速提取方法

来源:伴沃教育
第51卷第6期 2 0 1 5年6月 doi:10.1 1707/j.1001・7488.20150612 林 业 科 学 Vo1.51.NO.6 SCIENTIA SILVAE SINICAE Jun.,2 0 1 5 一种适于PCR和LAMP检测的松木中松材线虫 DNA快速提取方法木 苟大平 王曦茁 汪来发 田国忠 朱天辉 郭民伟 雅安625014;2.中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所 (1四川农业大学林学院国家林业局森林保护学重点实验室 北京100091) 摘要: 【目的】本研究旨在探索快速、简便地直接从病木中提取松材线虫DNA的方法。【方法】运用Chelex一 100结合异硫氰酸胍蛋白变性缓冲液建立新的高效快速提取微量木块中线虫DNA的方法,并通过普通PCR与环 介导等温扩增(LAMP)对提取的DNA进行检测验证。【结果】建立了提取线虫DNA的新方法Chelex一100法,并对 影响提取效率的Chelex.100浓度、冻融时间和煮沸时间进行了优化。Chelex一100法最适Chelex一100终浓度为1.5% (W/V),最适冻融时间为5 min,最适煮沸时间为8 min。与传统的CTAB法和蛋白酶K法比较,Chelex一100法提取 的DNA得率高,相同条件下,该方法提取的DNA浓度远远大于常规方法。3种方法的OD 。比值从大到小依次 为CTAB法>蛋白酶K法≥Chelex一100法,Chelex-100法的OD : 。值显著低于CTAB法,而略低于或等同于蛋白酶 K法,但这并不影响对提取的DNA进行PCR扩增。采用Chelex一100法提取松木中松材线虫的DNA,结合常规的 PCR和LAMP检测,检测灵敏度高,特异性强,稳定性好;提取的松材线虫DNA的75倍稀释液再稀释32倍后进行 PCR扩增,扩增产物电泳依然有清晰的条带。用新方法提取病木中线虫的DNA后进行检测,所有带病松木样品的 检测结果均呈阳性,而健康黑松、马尾松、油松木屑及盘多毛孢样品的检测结果均呈阴性。此外,该提取方法简便 快速,20 rain内即可完成整个DNA的提取;经济方便,试剂保藏无特殊要求,单个样品提取耗费低于3.5元。【结 论】Chelex-l00法是一种快速有效的提取松木中松材线虫DNA的方法,此方法结合PCR和LAMP检测技术将进一 步提高松材线虫的检测效率、灵敏度和准确性,可为松材线虫的野外检测提供可靠的技术依据。 关键词: 松材线虫;DNA提取;Chelex一100 中图分类号:¥763 文献标识码:A 文章编号:1001—7488(2015)06—0100—1l A Method for Rapidly Extracting DNA Of Bursaphelenchus xylophilus from the Infested Pine Wood for PCR and LAMP Detection Gou Daping Wang Xizhuo Wang Laifa Tian Guozhong Zhu Tianhui Guo Minwei (1.College of Forestry,Sichuan Agricultural University Ya’an 625014;2.Key Laboratory of Forest Protection of State Forestry Administration Research Institute of Forest Ecology,Environment and Protection,CAF Beijing 10009 1) Abstract: 【Objective】It is crucial for detection of the pine wood nematode(PWN)to develop a rapid and economic method of DNA extraction from the infested wood samples by Bursaphelenchus xylophilus.This study aims at developing a method for rapidly extracting DNA of Bursaphelenchus xylophilus from the infested pine wood.【Method】In this study,a new method was developed to directly extract the nematode DNA from the infested wood chips by using Chelex一100 combined with alkaline guanidine thiocyanate.The extracted DNA was amplified by polymerase chain reaction(PCR)and loop—mediated isothermal amplification(LAMP).【Result】The Chelex一100 was used to extract the nematode DNA and the factors,including Chelex一100 concentration,freezing and boiling time,affecting the extraction efficiency were optimized.The result showed that the optimum Chelex一100 final concentration was 1.5%(W/V),the optimum thawing time was 5 min,and the optimum boiling time was 8 min.The DNA concentration extracted by the Chelex-100 method was significantly higher than that extracted by CTAB and Proteinase K method under the same condition.The ratios of OD 2∞/280 of the three methods was in a descending order of CTAB method>Proteinase K≥Chelex一100 method.The 收稿日期:2014—01—17;修回日期:2014—06—08。 基金项目:国家高技术研究发展计划课题(2012AA101503)。 朱天辉为通讯作者。 第6期 苟大平等:一种适于PCR和LAMP检测的松木中松材线虫DNA快速提取方法 101 OD260/28o value of extraction with Chelex一1 00 method was significantly lower than that with the CTAB method,but slightly lower than,or equal to that with the Proteinase K method,however the low OD260/280 value did not affect the extracted DNA used for PCR amplification.The electrophoresis strip of the specific PCR amplification of the 75×32 times dilution of the nematode DNA extracted by Chelex一100 method was still clear.The resuhs of PCR and LAMP indicated that the detection of PWN using the Chelex-100一extracted—DNA was sensitive,specific,and stable.With the method the entire infested wood samples by PWN were detected positive,however,the healthy pine samples,including Pinus thunbergii, P.massoniana,P.tabuliform and Pestalotiopsis microspore,were detected negative.Furthermore,the new method is simple and rapid,with which only 20 minutes are needed without any other special requirements,and the cost was only 3.5 yuan per sample.【Conclusion】The Chelex一100 method is a rapid and valuable method for DNA extraction from PWN—infested wood samples.it can further improve the efficiency.sensitivity and accuracy of the PWN detection together with PCR and LAMP techniques for PWN detection under field conditions. Key words: Bursaphelenchus xylophilus;DNA extraction;Chelex一100 松材线虫病(Bursaphelenchus xylophilus)发病迅 够结合影响下一步分析的其他外源物质,并能通过 速,传播范围广,是一种毁灭性的森林病害,被多个 结合金属离子而防止DNA降解(陈辉等,2004),被 国家列为重要森林植物检疫对象。松材线虫的检测 广泛运用于血痕(周月琴等,2003;巴华杰等, 和鉴定是松材线虫检疫的重要手段。近年来,基于 2007;杨电等,2008)、细菌(钱雪琴等,2008;胡晓 PCR的分子生物学技术(王明旭,2004;陈凤毛等, 红等,2008)、真菌(陈吉良等,2011;兰茗清等, 2012;夏彦飞等,2009)的实时荧光定量PCR(葛建 2012)和放线菌(周双清等,2010)等微生物和微小 军等,2005;王明旭等,2005;陈凤毛等,2007; 动物(Musapa et a1.,2013)DNA的提取。用Chelex一 Frant)ois et a1.,2007;郭立新等,2011;Ye et a1., 100法提取线虫基因组DNA,尤其直接从木块中提 2013)、环介导等温扩增技术(LAMP)(Kikuchi et 取松材线虫DNA尚未见报道。本文以Chelex 100 a1.,2009)等被越来越广泛地运用于松材线虫的检 法提取或直接从病木中提取松材线虫DNA,作为 测和鉴定。获得一定数量和质量的线虫基因组是进 rDNA-ITS序列PCR扩增和LAMP扩增的模板,以 行准确高效分子检测的前提条件。传统的方法是经 期得到特异性强、明亮清晰的PCR检测条带或肉眼 贝尔曼漏斗法从感染松材线虫的木片中分离出线 可直接观察的试验结果,旨在探索建立一种高效、快 虫,再通过SDS法、CTAB法或蛋白酶K法提取线虫 速的提取松材线虫DNA的方法。 DNA(张奇等,2008;王姝颖,2009;Francois et a1., 2007),然而,这些方法较为耗时,不适于野外检测。 1 材料与方法 因此,建立一种直接从病木中高效提取线虫DNA的 1.1试验材料 方法极为必要。Takeuchi等(2005;2009)、王新荣 1.1.1 生物材料 采集18个地点松材线虫感病 等(2009)、胡月清(2006)和Kanetani等(2011)分别 植株木样(表1)。选取当年死亡的松树,在伐倒 运用CTAB法、SDS酚仿抽提法和蛋白酶K法直接 树干的基部、中部和树冠基部3个部位截取5cm 从感病木块或松褐天牛体内提取松材线虫DNA。 左右厚度的圆盘放入采样袋中,带回实验室。样 这些方法虽然省去了收集线虫的步骤,但仍存在一 品经贝尔曼漏斗于室温(25℃)条件下分离24 h, 些问题:CTAB法和SDS法需要经过反复的酚仿抽 进行显微镜下的形态鉴定和ITS区、1 8S基因测序 提,步骤繁琐,并且DNA在转移过程中有损失并伴 鉴定。人工挑取纯化后接种到盘多毛孢 有大片段破碎;而蛋白酶K法虽然避免了这一问 (Pestalotiopsis microspora)马铃薯葡萄糖琼脂培养 题,却同样需要1 h以上的温育反应,比较耗时,或 基上,4℃冰箱保藏。选取木样树皮以内心材以外 者需要借助昂贵的试剂盒。 3—5 cm的圆环10 g,用斧头劈成1~2 mm厚度的 Chelex一100是一种可与多价金属离子结合的螯 木片,作为试验的木块。取6 g木块置于室温下采 合型离子交换树脂,其悬液在碱性环境(pH=8.0~ 用贝尔曼漏斗法分离,24 h后,线虫悬液用线虫计 11)和100℃的条件下,可导致细胞膜破裂和DNA 数皿进行计数,每个样品重复3次,取平均值。剩 变性并释放出来(步嵘等,1999)。Chelex.100还能 余4 g木块用于DNA提取。 l02 林业科学 51卷 1.1.2 化学试剂 5%( )Chelex一100;异硫氰 10,100和1 000倍的梯度稀释,稀释液进行PCR检 酸胍碱性缓冲液:3 mmol・L~CH N ・HSCN, 50 mmol・L~Tris—HC1(pH 8.0),20 mmol・L 测以确定最适的Chelex-100浓度。 1.3.2 冻融时间对DNA提取的影响 采用1.3.1 节中筛选出的Chelex.100最适浓度,设置不同的冻 融时间,即3,4,5和6 min(冰煮时间相同),提取线 虫DNA。DNA提取液分别进行10,100和1 000倍 的梯度稀释,稀释液进行PCR检测以确定最佳冻融 时间。 EDTA(pH 8.0),1%Triton X一100;CTAB提取缓冲 液:2.0%(W/V)CTAB,1.4 mmol・L~NaC1,100 mmol・L~Tris—HC1(pH 8.0),20 mmol・L EDTA (pH 8.0),1%( )B一巯基乙醇;ISOHAIR DNA 提取试剂盒,购自日本Nippon gene。 1.2 Chelex-100法的初步建立 吸取5 L的松材线虫悬浮液(约含线虫50头, 1.3.3 煮沸时间对DNA提取的影响采用之前确 定的Chelex.100最适浓度、最佳冻融时间,设置不同 分离于安徽合肥病死马尾松),放入1.5 mL离心管 中,加入异硫氰酸胍提取缓冲液(3 mmol・L CH N ・HSCN,50 mmol・L~Tris—HC1(pH 8.0),20 mmol-L EDTA(pH 8.0),1%Triton X一100)40 的煮沸时间,即4,6,8和10 min,提取线虫DNA。 DNA提取液分别进行10,100和1 000倍的梯度稀 释,稀释液进行PCR检测以确定最佳煮沸时间。 1.4 Chelex-100法与CTAB法和蛋白酶K法的 比较 1.4.1 提取方法 1)CTAB法 参照Yuko o,L,枪头搅拌混匀,冰上放置10 min,沸水煮l0 min,然后加入5%( 重复3次。 1.3 Chelex一100法的优化 1.3.1 Chelex一100浓度对DNA提取的影响 在 )Chelex-100 40 tzL,枪头搅 拌混匀,沸水煮10 rain,吸取上清液用于PCR检测, Takeuchi等(2005;2009)的方法。称取含有松材线 虫的木块50 mg,置于2 mL离心管中,加入600 L 预热的CTAB提取缓冲液[2.0%( )CTAB, ) 1.4 tool・L~NaC1,100 mmol・L~Tris.HCI(pH 1.2节的基础上,在其他条件不变的情况下,用终浓 度分别为1.0%,1.5%,2.0%和2.5%(W/V)的 Chelex.100提取线虫DNA。DNA提取液分别进行 8.0),20 mmol・L EDTA(pH 8.0),1%( B一巯基乙醇]漩涡混匀,60 clC温育30 min,加入等 体积的酚氯仿异戊醇(25:24:1)抽提,然后4℃下 第6期 苟大平等:一种适于PCR和LAMP栓测的松木中松材线虫DNA快速提取方法 103 14 400 r・min 离心15 min,吸取上清,再加入3/4 体积的异丙醇,缓慢颠倒混匀,室温静置20 min,4 cC下14 400 r・min 离心15 min,倒掉上清,再用 70%的乙醇洗涤2次,待彻底干燥后用1/10倍的 TE溶解DNA,每个样品重复3次。 2)蛋白酶K法 参照日本ISOHAIR DNA提取 试剂盒(购自Nippon gene)说明书以及Kanetani等 (2011)的方法:首先在2 mL离心管中加入1 mL的 DNA提取缓冲液『100 mmol・L~NaC1、10 mmol・L Tris.HC1(pH8.0)、1 mmol・L EDTA];再添加40 L含有蛋白酶K的Lysis buffer和50 L Enzyme solution(ISOHAIR Nippon gene),充分搅拌混匀;在 离心管溶液中加入收集的50 mg含有松材线虫的木 片,55℃孵育20 min,然后94℃孵育10 min,吸取 上清液用于PCR检测,每个样品重复3次。 3)Chelex-100法 称取50 mg含有线虫的木 块,放人2 mL离心管中,加入异硫氰酸胍提取缓冲 液[3 mol・L~CH N ・HSCN,50 mmol・L~Tris.HC1 (pH 8.0),20 mmol・L EDTA(pH 8.0),1% Triton X一100]400 IxL,枪头搅拌混匀,冰上放置5 min,沸水煮5 min,然后加入5%(w/v)Chelex一100 200 L,枪头搅拌混匀,沸水煮8 min,吸取上清液用 于PCR检测,每个样品重复3次。 1.4.2 DNA含量测定和统计分析 应用核酸测定 仪(紫外分光光度仪)在260和280 nm下测定DNA 样本的OD: 。、OD:舳吸光度值,计算所提取样本的纯 度和含量。DNA纯度以OD 。/OD:。。值为依据; DNA含量(ng・ L )=OD 6。×50×稀释倍数。使 用SPSS软件(SPSS19.0)对数据进行统计分析。数 据采用平均值±标准差表示,组间差异采用方差分 析检验,并采用t检验进行两两比较,P<0.05为差 异显著。 1.5 PCR与LAMP验证 1.5.1 验证方法 1)PCR扩增 提取的样品 DNA通过普通PCR扩增进行验证。引物选用胡月 清等(2006)、王姝颖(2009)设计的松材线虫特异引 物,上游弓I物P155(5 .CTAcGTGcTGTTGTTGA GTTGGC.3 ),下游引物P538(5 一TGGTGCCT AACATTGCGCGA一3 )(由北京赛百盛公司合成)。 25 L的PCR反应体系为:12.5 L的PCR MIX (购白天根),上下游引物各1 L,1 L的DNA模 板以及9.5 L的ddH O。PCR反应程序为:94℃ 预变性3 min;94℃变性1 min,53 cC退火30 S, 72℃延伸45 S,35个循环;72 oC再延伸10 min。取 4 L PCR扩增产物在1%的琼脂糖凝胶中140 V电 泳30 min,紫外灯下观察并拍照。 2)LAMP扩增 采用Chelex.100法(步骤见 1.4.1节)提取病木块中的松材线虫DNA,DNA提 取液稀释10倍后,取2 L直接用于LAMP反应。 引物选用Kikuchi等(2009)设计的ITS区LAMP引 物组,LAMP反应方法参照荣研loopamp DNA扩增 试剂盒。建立一个25 L的反应体系,包含2.5 L10×扩增缓冲液,2 IxL dNTP(2.5 mmo]・L ), 1 IxL Taq酶(5U・ L一 ),2 L Genome DNA,弓I物 F3和B3各5 pmol,引物FIP和BIP各40 pmol,引物 LoopF 20 pmol,DNA链置换酶1 L和1 L的荧光 检测试剂(Eiken Chemica1)。反应混合液63℃水浴 60 min,最后80℃下温育5 min。LAMP扩增产物的 检测通过反应溶液颜色变化(是否发出荧光)肉眼 观察判断。 1.5.2灵敏性、特异性和稳定性验证 1)灵敏 性验证 采用Chelex.100法、CTAB法和蛋白酶K 法提取的DNA样品通过梯度稀释DNA提取液后, 再进行PCR来分析DNA提取质量和灵敏性。称取 50 mg不含松材线虫的马尾松木块,放人挑有10条 松材线虫的2 mL离心管中,涡旋搅拌混匀,采用3 种提取方法提取线虫DNA。提取的DNA经核酸测 定仪测定后稀释到相同浓度,然后进行2 倍梯度稀 释,分别稀释了2,4,8,16,32和64倍的DNA提取 液作为PCR扩增模板进行PCR检测。 2)特异性验证 采用Chelex.100法提取松材 线虫和拟松材线虫的感病木块(表1)、健康马尾松 (采自安徽合肥)、健康黑松(采自北京)、健康油松 (采自中国林业科学研究院)木块和盘多毛孢(源自 中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所) 的DNA,DNA提取液分别进行PCR扩增验证和 LAMP扩增,重复3次。 3)稳定性验证分别称取50 mg健康马尾松、 黑松和油松木块,放人挑有10条松材线虫的2 mL 离心管中,涡旋搅拌混匀,采用Chelex一100法提取松 材线DNA,DNA提取液分别通过PCR检测验证和 LAMP扩增,重复10次。不含松材线虫的健康马尾 松、黑松和油松木块DNA提取液作为阴性对照。 2 结果与分析 2.1 Chelex-100法的建立 采用Chelex.100法(1.2节)提取松材线虫悬液 中线虫DNA,吸取0.5 L DNA提取液作为模板进 行PCR扩增,扩增产物进行1%的琼脂糖凝胶电泳。 采用CTAB法(同1.4.1节)提取20 L(约2 000 第6期 苟大平等:一种适于PCR和LAMP检测的松木中松材线虫DNA快速提取方法 109 且结果稳定(图8,9;表3)。 DNA提取是许多分子检测技术的第一步,许多 试验失败的原因可追溯到该步骤,该阶段提取的 DNA产量不足、DNA质量差、干扰物质多或DNA部 分降解等可直接影响检测的结果(Yaxsier et a1., 2011)。因此,本文探索建立了一种简便高效的提 取松材线虫悬液和木块中线虫DNA的方法即 Chelex一100法,运用该方法提取的线虫DNA用于 PCR和LAMP等检测时灵敏度高,特异性强,结果 稳定可靠,充分满足普通PCR和LAMP等分子检测 需求。此外,本方法所需实验设备简单,试剂药品的 保藏使用对温度也无特殊要求,无需操作人员具有 特别的专业知识,极适合于现场检测以及基层检测 推广。 参 考 文 献 巴华杰,刘冰泉,马 骏,等.2007.Chelex-100法提取滤纸血痕 DNA影响因素的比较.法医学杂志,23(5):347—348. 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